计算化学公社

标题: 怎么将溶质分子放进自定义溶剂中 [打印本页]

作者
Author: acoustic 时间: 2023-10-1 21:32
标题: 怎么将溶质分子放进自定义溶剂中
1.之前见到使用一盒子溶剂的gro文件，直接使用命令 gmx solvate -cp 溶质分子.gro -cs 一盒溶剂.gro -p topol.top -o all.gro -box 4.5 4.5 4.5，为此我使用packmol生成了一盒溶剂的pdb文件，但是不知道如何生成一盒溶剂的gro文件？试图使用multiwfn生成chg文件，再用sobtop生成gro文件，但是在multiwfn报错，这样是否不可行？
2.见到别人使用命令gmx solvate -cp 溶质分子.gro -cs 溶剂分子.gro -p topol.top -o all.gro（其中在top文件中写明想要的溶剂分子的分子数），这样怎么指定盒子大小，且我用这个命令也报错

我现在已经有一盒溶剂的pdb、单个溶剂分子的gro 、itp、top文件，请问我到底该怎样将溶质分子放进自定义溶剂中

作者
Author: sobereva 时间: 2023-10-2 06:33
1 毫无必要刻意转成gro。本来gmx grompp就能载入pdb文件。非要转用gmx editconf或者Multiwfn（载入pdb后主功能100的主功能2里选导出gro）。
当前问题和Multiwfn计算原子电荷产生chg文件毫无直接关系。怎么做的、什么报错自觉说清楚，仔细看下文
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）

2 自己建立个盒子尺寸是指定大小的gro文件（gro文件最后一行记录盒子信息），即空盒子，然后gmx solvate或gmx insert-molecules往里面加入分子，溶质和溶剂分子分两次分别加，用前者和后者必须分别用-maxsol、-nmol指定最多加多少分子。用packmol一次性产生溶质-溶剂混合体系也可以，下文写得很明白
分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用
http://sobereva.com/473（http://bbs.keinsci.com/thread-12549-1-1.html）

不要自己在标题里手写【求助】这种标签，http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html里明确说了。这次给你改了，以后注意

作者
Author: acoustic 时间: 2023-10-2 14:09
本帖最后由 acoustic 于 2023-10-2 14:30 编辑

1.gmx insert-molecules -ci C2.gro -nmol 1 -box 4.5 4.5 4.5 -rot xyz -seed 0 -o C2_box.gro

2.
执行 gmx solvate -cp C2_box.gro -cs AN.gro -maxsol 1000 -o C2_sol.gro，报错Fatal error:
No box information for solvent in AN.gro, please use a properly formatted file
所以在AN.gro最后一行加了盒子信息4.5 4.5 4.5，又执行上述命令，但是这样生成的C2_sol中只有一个溶质分子和一个溶剂分子请问我该怎么修改呢

作者
Author: Frozen-Penguin 时间: 2023-10-2 18:29

acoustic 发表于 2023-10-2 14:09
1.gmx insert-molecules -ci C2.gro -nmol 1 -box 4.5 4.5 4.5 -rot xyz -seed 0 -o C2_box.gro

2.

1. insert-molecules 是不断向盒子中随机加入指定分子，并去掉重叠的，直到放入指定数量或填满，-nmol应该是溶剂分子的个数而不是溶质分子的个数，这种方式的缺点在于产生的溶剂初始状态可能距离平衡状态较远，后续模拟时可能会不稳定。
2. solvate 的则是用多个已经达到平衡的溶剂盒子填满目标区域，然后删去与溶质分子重叠的溶剂分子，这样可以避免结果不平衡，但是这样就需要一个已经平衡好的溶剂盒子作为输入，而不是输入单个溶剂分子，例如常用的spc216.gro就是216个平衡状态的spc模型的水分子组成的体系。

作者
Author: acoustic 时间: 2023-10-3 17:13

Frozen-Penguin 发表于 2023-10-2 18:29
1. insert-molecules 是不断向盒子中随机加入指定分子，并去掉重叠的，直到放入指定数量或填满，-nmol应 ...

感谢~

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