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标题: CGenFF获取小分子拓扑时penalty在10-50之间该怎么解决？ [打印本页]

作者
Author: Keporemp 时间: 2023-10-3 15:22
标题: CGenFF获取小分子拓扑时penalty在10-50之间该怎么解决？
本帖最后由 Keporemp 于 2023-10-3 15:45 编辑

我在用Gromacs做蛋白质配体模拟的时候，利用CGenFF获取小分子拓扑的时候，获取的srt文件中penalty如下：param penalty= 26.000 ; charge penalty= 12.440。文件里面提示说penalty在10-50之间的需要进行一些验证，想请问一下这里的验证指的是什么意思？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-10-3 21:40
诸如优化结构，跟合理的量子化学优化的结构做对比。以及比如对比极小点结构处的振动频率、内坐标改变对应的势能曲线等等

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