标题: Gromacs进行蛋白质-DNA复合物的模拟时能量最小化报错 [打印本页] 作者Author: mengdan1234 时间: 2023-10-3 21:22 标题: Gromacs进行蛋白质-DNA复合物的模拟时能量最小化报错 各位老师好，学生使用gmx 2020版本进行蛋白质-DNA复合物的模拟时，使用charm27力场，进行到能量最小化步骤时，使用gmx grompp -f em.mdp -c solvated.gro -p complex.top -o em.tpr -maxwarn 3 产生em.tpr后，报错：
Fatal error:Cannot find position restraint file restraint.gro (option -r).
From GROMACS-2018, you need to specify the position restraint coordinate files
explicitly to avoid mistakes, although you can still use the same file as you
specify for the -c option.
然后 我增加了-r 选项，更新为 gmx grompp -f em.mdp -c solvated.gro -p complex.top -o em.tpr -r complex.gro -maxwarn 3
[问：限制性坐标文件gro怎么产生的哦？]
在之后的em.tpr任务中产生大量sepxx.pdb文件，vmd查看后发现有结构中蛋白质断裂，不知道断裂是不是因为前述的位置限制文件.gro没有生成所导致的？