计算化学公社

标题: 使用aRDG法分析弱相互作用设置盒子时遇到问题 [打印本页]

作者
Author: ngaoo 时间: 2023-10-3 21:23
标题: 使用aRDG法分析弱相互作用设置盒子时遇到问题
老师，我参考您应用aRDG的例子，对自己的体系进行分析，显示出平均RDG等值面是这样
(, 下载次数 Times of downloads: 20) 目标分子的原子编号是1276-1303，在进行到设置原子编号当作盒子中心的时候，应该输入什么当作盒子的中心，我当时输的是1276，1276.不知道是不是这个原因导致这个现象。请老师指导下，谢谢。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-10-3 21:30
参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html） ppt

(, 下载次数 Times of downloads: 19)

作者
Author: ngaoo 时间: 2023-10-4 12:54
D:\桌面\报错截图\ardg2.png
(, 下载次数 Times of downloads: 18)

老师，我按照您说的重新定义了格点，这是跑完后的结果，您再帮我看看哪里有问题

作者
Author: sobereva 时间: 2023-10-4 14:36

ngaoo 发表于 2023-10-4 12:54
老师，我按照您说的重新定义了格点，这是跑完后的结果，您再帮我看看哪里有问题

没明显问题
向我提问时，记得点击我帖子下方的回复按钮

作者
Author: ngaoo 时间: 2023-10-4 16:04
本帖最后由 ngaoo 于 2023-10-5 00:12 编辑

sobereva 发表于 2023-10-4 14:36
没明显问题
向我提问时，记得点击我帖子下方的回复按钮

老师这个图可以解读为：分子上部分羟基倾向于某一方向与周围溶剂分子形成较强的范德华作用，可以解释他们之间相互吸引有助于目标分子在溶剂中溶解，并增加其溶解度吗？
老师，为什么我看别的文献，他们的范德华作用几乎包围住了整个分子，而我的这个怎么看上去那么大点，并且别的作用力也看得不太强。是不是我哪里没有做对？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-10-5 07:02

ngaoo 发表于 2023-10-4 16:04
老师这个图可以解读为：分子上部分羟基倾向于某一方向与周围溶剂分子形成较强的范德华作用，可以解释他们 ...

把盒子延展距离设大点再试
并且在VMD里显示出盒子范围，弄清楚到底是不是盒子太小把本该显示的等值面截断了

作者
Author: ngaoo 时间: 2023-10-5 12:43

sobereva 发表于 2023-10-5 07:02
把盒子延展距离设大点再试
并且在VMD里显示出盒子范围，弄清楚到底是不是盒子太小把本该显示的等值面截 ...

老师，您说的这个盒子范围在vmd中怎么显示

作者
Author: sobereva 时间: 2023-10-10 21:24

ngaoo 发表于 2023-10-5 12:43
老师，您说的这个盒子范围在vmd中怎么显示

(, 下载次数 Times of downloads: 24)

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