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标题: 使用xtb方法计算煤和活性剂的单点能的问题 [打印本页]

作者
Author: 18663015759 时间: 2023-10-4 22:34
标题: 使用xtb方法计算煤和活性剂的单点能的问题
本人通过分子动力学得到吸附不同数量表面活性剂的煤（2个煤分子）的吸附构型，通过Multiwfn转化成.xyz文件后，利用Xtb软件计算单点能以得到molden.input文件的过程中出现如下错误：
[ERROR] Program stopped due to fatal error
-2- reading geometry input '/home/tom/1.xyz' failed
-1- Error: Impossible number of atoms provided
--> /home/tom/1.xyz:1:6
  |
1 |    0
  |    ^ expected positive integer value
  |
########################################################################
abnormal termination of xtb

之前建立一个煤分子是可以通过Xtb进行单点能的计算的，但建成2个煤分子后计算失败，想问下老师针对上述失败原因应如何解决，谢谢！已附.xyz文件，还望解答下！

作者
Author: sobereva 时间: 2023-10-5 06:44
你的xyz文件完全是空的，自己用文本编辑器打开一看便知
并且仔细看此文搞清楚xyz的格式
谈谈记录化学体系结构的xyz文件
http://sobereva.com/477

作者
Author: 18663015759 时间: 2023-10-5 08:46
老师，是的，您这么一说确实是空的，我重新利用Multiwfn程序将.mol文件转成.xyz后，打开发现也是空的，我附上.mol文件，还望老师您能帮忙看下是哪里的问题，十分感谢！

作者
Author: 18663015759 时间: 2023-10-5 22:26
本帖最后由 18663015759 于 2023-10-5 22:28 编辑

老师，问题已经解决，经过计算算得吸附不同数量的阴离子表面活性剂后的煤的正负面积比，发现伴随活性剂数量的增加，正面积比不断增大，这和Zeta实验测得的负面积比不断增大的结论相反，想问下老师是什么原因导致的，模型应当如何调整

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