计算化学公社

标题: 求助：锂离子电池溶剂化结构的原子电荷选择问题 [打印本页]

作者
Author: xjw 时间: 2023-10-5 11:37
标题: 求助：锂离子电池溶剂化结构的原子电荷选择问题
各位老师好，我最近使用Gromacs计算锂离子电池溶剂化结构，本来使用的是卢天老师给的./RESP_ORCA.sh DME.pdb 0 1 ethanol计算体系中每个成分的RESP电荷，最后的快照如图下一所示。但是我想到电荷应该使用具体体系的溶剂参数，我就利用Gaussian和Multiwfn按照实际溶剂的介电常数参数重新计算了 RESP电荷。最后得到快照的如图二，这两个相差这么多，我应该使用哪个啊？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-10-5 11:41
用分子实际所处的环境的介电常数算RESP2(0.5)电荷
RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/531（http://bbs.keinsci.com/thread-16190-1-1.html）

作者
Author: xjw 时间: 2023-10-5 13:25

sobereva 发表于 2023-10-5 11:41
用分子实际所处的环境的介电常数算RESP2(0.5)电荷
RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算
http://so ...

收到，谢谢老师

作者
Author: xjw 时间: 2023-10-6 18:32

sobereva 发表于 2023-10-5 11:41
用分子实际所处的环境的介电常数算RESP2(0.5)电荷
RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算
http://so ...

老师您好，我用您给的方法计算RESP2电荷，但是相同环境的原子确不相同，这个应该怎么解决啊

作者
Author: sobereva 时间: 2023-10-10 21:27

xjw 发表于 2023-10-6 18:32
老师您好，我用您给的方法计算RESP2电荷，但是相同环境的原子确不相同，这个应该怎么解决啊

把具体结构图贴出来，标注清楚你指的是哪些原子

作者
Author: xjw 时间: 2023-10-11 09:34
本帖最后由 xjw 于 2023-10-11 09:35 编辑

sobereva 发表于 2023-10-10 21:27
把具体结构图贴出来，标注清楚你指的是哪些原子

谢谢老师回复，那个已经解决了。还有一个问题希望的到您的解答
我在使用Gromacs做模拟计算时，体系是液体，溶剂沸点在25℃左右，我使用了退火过程，温度从0-2ns升到600K，然后在600K保持4ns，最后在2ns过程降温到300K进行模拟，退火命令如下图一，最后得到的快照如下图二（快照中的球棍模型是距锂离子3A的分子）。
但是如果我在每2ns升高100K的温度，过程如下图三，会得到图四的快照。
就感觉第一个过程球棍模型都聚集在一起，然而第二个过程是分散在体系中，请问这两个应该采用那种过程？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-10-11 11:26

xjw 发表于 2023-10-11 09:34
谢谢老师回复，那个已经解决了。还有一个问题希望的到您的解答
我在使用Gromacs做模拟计算时，体系是液 ...

原理上跑无穷长时间结果是一样的
第二种模拟在300K下再跑几十ns看看

作者
Author: xjw 时间: 2023-10-11 12:29

sobereva 发表于 2023-10-11 11:26
原理上跑无穷长时间结果是一样的
第二种模拟在300K下再跑几十ns看看

就是说可能最后都是类似第一种过程那种情况吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-10-11 12:42

xjw 发表于 2023-10-11 12:29
就是说可能最后都是类似第一种过程那种情况吗？

是

作者
Author: xjw 时间: 2023-10-11 15:31
本帖最后由 xjw 于 2023-10-11 15:32 编辑

sobereva 发表于 2023-10-11 12:42
是

好的，谢谢老师

作者
Author: xjw 时间: 2023-10-25 19:08

sobereva 发表于 2023-10-5 11:41
用分子实际所处的环境的介电常数算RESP2(0.5)电荷
RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算
http://so ...

老师您好，如果实在找不到溶剂的介电常数，那是不是RESP2就不能用了啊，如果是这种情况应该使用哪种电荷呢？还有就是在这种体系中amber力场和oplsaa力场应该选择哪种力场更加合适呢？我看您博文里面说RESP2是对amber力场用的，那如果是oplsaa力场用哪种电荷合适呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-10-26 05:47

xjw 发表于 2023-10-25 19:08
老师您好，如果实在找不到溶剂的介电常数，那是不是RESP2就不能用了啊，如果是这种情况应该使用哪种电荷 ...

估计一个值或者用特征相近的溶剂的值凑合

OPLS-AA用1.2*CM5是首选
计算适用于OPLS-AA力场做模拟的1.2*CM5原子电荷的懒人脚本
http://sobereva.com/585（http://bbs.keinsci.com/thread-21462-1-1.html）
ORCA结合Multiwfn计算RESP、RESP2和1.2*CM5原子电荷的懒人脚本
http://sobereva.com/637（http://bbs.keinsci.com/thread-28178-1-1.html）

作者
Author: xjw 时间: 2023-10-26 08:02

sobereva 发表于 2023-10-26 05:47
估计一个值或者用特征相近的溶剂的值凑合

OPLS-AA用1.2*CM5是首选

收到。谢谢老师
老师，我看这1.2*CM5这脚本里面没有溶剂效应，是不用考虑嘛？
还有就是如果我用opls力场就体系里面的阴离子要用文献中离子液体的力场，溶剂使用ligpargen，这个是不是不用修改电荷啊

作者
Author: sobereva 时间: 2023-10-26 08:21

xjw 发表于 2023-10-26 08:02
收到。谢谢老师
老师，我看这1.2*CM5这脚本里面没有溶剂效应，是不用考虑嘛？
还有就是如果我用opls力 ...

CM5电荷部分在气相下计算，乘1.2已经等效体现了溶剂效应的极化。但这是对水溶剂而言的，不适合其它溶剂。对其它溶剂，从原理上也没有比RESP2(0.5)更适合的

ligpargen直接给你的原子电荷对于当前情况并不是最理想的

作者
Author: xjw 时间: 2023-10-26 09:24

sobereva 发表于 2023-10-26 08:21
CM5电荷部分在气相下计算，乘1.2已经等效体现了溶剂效应的极化。但这是对水溶剂而言的，不适合其它溶剂。 ...

收到，谢谢老师解答

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