计算化学公社

标题: shell脚本无法运行问题。Redhat和Ubuntu的区别 [打印本页]

作者
Author: kevin 时间: 2016-9-6 15:38
标题: shell脚本无法运行问题。Redhat和Ubuntu的区别
各位老师，
   我想实现linux的批量执行，参考了论坛里以下帖子http://www.sobereva.com/258，http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=520。遇到了以下问题：
   1. 我有一台台式机，ubuntu 12.04版本，利用ssh实现远程控制，帖子里的shell文件均可以执行，我同样用ssh连接了一台服务器，版本是red hat enterprise linux server 5.6，却不能实现shell脚本的运行，请问是怎么一回事？该怎么解决？
   2. 我现在的服务器安装的是Gaussian 09 D.01版本，用pbs脚本提交任务，脚本文件如下，是否可以更改该脚本实现批量执行。
   谢谢各位老师!

#!/bin/sh
#################################################################
#PBS -N g09

#PBS -l nodes=1:ppn=4

#PBS -l walltime=1000:00:00

#PBS -q batch

#PBS -V
cd $PBS_O_WORKDIR
#executable programe
MEM=100MW
NprocShared=4
FILENAME=g09.gjf
################################################################
g09root=/opt/software/gaussian
export GAUSS_EXEDIR=$g09root/g09
export GAUSS_SCRDIR=/tmp/
export PATH=$PATH:$g09root/g09/
source $g09root/g09/bsd/g09.profile

g09 < $FILENAME > g09.log

作者
Author: 冰释之川 时间: 2016-9-6 21:27
我一般是一个计算任务配一个qsub作业脚本（放在一个文件夹下），那么你要批量提交任务，可以用以下代码：

#!/bin/bash
for i in `ls -F |grep /`
do
cd $i
for inf in *.pbs
do
echo Running ${inf} ...
time qsub < ${inf}
echo ${inf} is finished
echo
done
cd ..
done

复制代码

然后 bash 这个脚本即可调用PBS作业提交系统，注意这个批量脚本应当放在上一级的文件夹中 (, 下载次数 Times of downloads: 39)

作者
Author: sobereva 时间: 2016-9-7 05:45
1 没具体信息不好说。我博文里的脚本在redhat 6下运行无任何问题。

作者
Author: kevin 时间: 2016-9-7 19:49

冰释之川发表于 2016-9-6 21:27
我一般是一个计算任务配一个qsub作业脚本（放在一个文件夹下），那么你要批量提交任务，可以用以下代码： ...

谢谢冰老师，经测试成功实现了批量执行。

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