计算化学公社

标题: 求助用晶体结构的cif文件转换为gjf文件计算，出现L202错误，原子距离太近 [打印本页]

作者
Author: 萝卜陈 时间: 2023-10-10 21:30
标题: 求助用晶体结构的cif文件转换为gjf文件计算，出现L202错误，原子距离太近
输入输出文件在附件，请问不改变晶体结构的情况下，怎么改正

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-10-10 22:33
晶体结构里有无序原子，要先去除无序才能算

作者
Author: sobereva 时间: 2023-10-11 00:36
帖子标题不得乱用叹号，置顶的新社员必读贴以及http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html都明确说了。这次给你改了，下次乱用叹号直接删帖扣分处理。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-10-11 00:37
明摆着原子都严重重叠了
删除其中一个重复的InCl5片段再算

作者
Author: 萝卜陈 时间: 2023-10-11 10:28

sobereva 发表于 2023-10-11 00:37
明摆着原子都严重重叠了
删除其中一个重复的InCl5片段再算

只能删除原子吗？这是一个晶体单元，想要计算这个结构还有其他方法吗？

作者
Author: 萝卜陈 时间: 2023-10-11 10:28

sobereva 发表于 2023-10-11 00:36
帖子标题不得乱用叹号，置顶的新社员必读贴以及http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html都明确说了。 ...

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作者
Author: 萝卜陈 时间: 2023-10-11 10:29

wzkchem5 发表于 2023-10-10 22:33
晶体结构里有无序原子，要先去除无序才能算

请问怎么去除无序

作者
Author: sobereva 时间: 2023-10-11 10:54

萝卜陈发表于 2023-10-11 10:28
只能删除原子吗？这是一个晶体单元，想要计算这个结构还有其他方法吗？

不删你还能怎么样？搞清楚晶体中原子的占有度（occupancy）的概念

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-10-11 16:07

萝卜陈发表于 2023-10-11 03:28
只能删除原子吗？这是一个晶体单元，想要计算这个结构还有其他方法吗？

你可以看到晶体结构里有两个In，但这并不代表每个晶胞里真的有两个In，而是代表In以一定概率（很可能但未必是50%）处于其中一个位置，以一定概率处于另一个位置。
如果要精确描述这种行为，应该做分子动力学，让In可以在这两个位置之间来回动。但是大部分情况下不需要这么精确，可以删掉其中一个In，也就是近似认为In只能在其中的一个位置，这样会引入误差但误差量级一般可接受。但如果两个In完全保留，结果是完全错误的，因为计算的结构总是表示每个原子都是有100%的概率处在那个位置，不能用单一结构表示某个原子50%概率在A处、50%概率在B处的情况，所以等于你凭空给这个晶胞添加了一个In原子，完全不符合实际

作者
Author: 萝卜陈 时间: 2023-10-11 21:42

wzkchem5 发表于 2023-10-11 16:07
你可以看到晶体结构里有两个In，但这并不代表每个晶胞里真的有两个In，而是代表In以一定概率（很可能但未 ...

嗯嗯，我知道了，谢谢啦

作者
Author: 萝卜陈 时间: 2023-10-11 21:42

sobereva 发表于 2023-10-11 10:54
不删你还能怎么样？搞清楚晶体中原子的占有度（occupancy）的概念

好的好的，谢谢社长

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