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标题: CP2K能否模拟有机晶体在水中的溶解过程 [打印本页]

作者
Author: lwang2016 时间: 2023-10-11 07:38
标题: CP2K能否模拟有机晶体在水中的溶解过程
各位老师

请教一下大家，CP2K能否用来模拟有机晶体在水中的溶解释放过程。

我主要是想进行两种晶型在水中的溶出释放模拟，比较两者在水中释放速率特点。

谢谢。

作者
Author: Graphite 时间: 2023-10-11 07:59
模拟溶解需要的尺度很大，正常用经典MD做。CP2K虽然也能做点经典MD，但功能远不如正经做MD的软件如Gromacs和LAMMPS。
没什么特别情况的话，首选Gromacs。需要弄力场参数和一些辅助，Sobtop+Multiwfn。

作者
Author: lwang2016 时间: 2023-10-11 08:22

Graphite 发表于 2023-10-11 07:59
模拟溶解需要的尺度很大，正常用经典MD做。CP2K虽然也能做点经典MD，但功能远不如正经做MD的软件如Gromacs ...

多谢老师

我先去了解一下Gromacs软件。

作者
Author: 风起~ 时间: 2023-10-11 09:43
你还可能要考虑模拟搅拌过程

作者
Author: sobereva 时间: 2023-10-11 12:55
CP2K基于经典力场虽然也能做，但设置力场参数时比较麻烦，而且速度远比不上专门跑经典力场动力学的GROMACS，这部分功能还没法用GPU加速，而当前的问题需要跑的时间尺度又比较大。基本上只有跑QM/MM或AIMD的动力学时才适合CP2K。而且CP2K在控温设置上也不如GROMACS。

至于搅拌问题，可以考虑对晶体做拉伸动力学、或者给溶剂设加速度之类。

作者
Author: lwang2016 时间: 2023-10-11 16:10

sobereva 发表于 2023-10-11 12:55
CP2K基于经典力场虽然也能做，但设置力场参数时比较麻烦，而且速度远比不上专门跑经典力场动力学的GROMACS ...

谢谢老师。

作者
Author: lwang2016 时间: 2023-10-11 16:11

风起~ 发表于 2023-10-11 09:43
你还可能要考虑模拟搅拌过程

谢谢老师。

作者
Author: wei 时间: 2023-10-11 17:45
这个即使用gromacs做，也有很多技术细节要考虑，难度相当大。譬如：1. 有机晶体是周期性的，在哪个位置切割晶面形成一个立方体？2.晶体溶解的时间尺度可能是以分钟甚至小时计，时间尺度怎么解决？那这儿几乎必须要用一些增强采样的方法了。3.如果有机晶体溶解性一般，建模时还要考虑空间尺度够不够大。4.这还涉及到固液两相变一相的问题。这个变化过程模拟难度只是比溶液结晶小一些而已。建议弃坑。

作者
Author: lwang2016 时间: 2023-10-12 08:25

wei 发表于 2023-10-11 17:45
这个即使用gromacs做，也有很多技术细节要考虑，难度相当大。譬如：1. 有机晶体是周期性的，在哪个位置切割 ...

谢谢老师。

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