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标题: 求助：在控压时使用deform选项压缩非晶纤维素导致核心爆炸 [打印本页]

作者
Author: karmie 时间: 2023-10-11 09:28
标题: 求助：在控压时使用deform选项压缩非晶纤维素导致核心爆炸
想参考文献，通过上下两层结晶纤维素CC压缩中间层的非晶纤维素AC，从而获得表面平整，且符合实际密度的非晶纤维素。整体结构是通过packmol组合，非晶纤维素是由通过800K高温弛豫后的纤维素单链packmol，我的力场使用的是AMBER14sb-OL15 + beta-glucose GLYCAM06h，gromacs版本为2019.6。对整体结构在能量最小化后，通过冻结水作为水墙，限制CC与AC的x、z的位置，在nvt下给与300k的初始温度，后通过npt退火，将300k升温到800k，并在npt800k下进行压缩，且使用的是deform选项，mdp文件，附在下方。在正常跑完em，nvt，nptheat后，控压时跑deform.mdp时，系统显示too many lincs，或者核心爆炸，请问是我的mdp文件有问题，还是初始结构有问题？

初始结构为：

还想请问下，文献中：the forces applied on the atoms of water and the CC regions were set to 0, with atoms only given velocities in the CC layer.这两个该如何通过mdp文件实现呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-10-11 14:27
直接对非晶纤维素的盒子做deform就行了（Z方向压缩，X、Y方向控压。用semiisotropic控压），没必要设置水和晶态纤维素部分。牵扯的因素越多越难排查问题

作者
Author: karmie 时间: 2023-10-12 08:42
好的！谢谢老师，那我再去试试。

作者
Author: karmie 时间: 2023-10-17 09:40
sob老师@sobereva ，还有个问题想请教一下，我按您的方法可以互获得AC结构，但在尝试复刻文献的方法时，我将水冻结后，在压缩时，水也被压缩了，且AC层密度也远不能达到我想要的，再继续压缩就出现报错，请问如何能做到只让上下两层结晶纤维素向下压缩，而冻结的水不动呢？
控压为：
pcoupl          = berendsen
pcoupltype       = semiisotropic
tau-p          = 1.0
compressibility = 1.0e-5 0
ref-p          = 1.01325 1.01325
deform          =  0 0 -0.08 0 0 0
nstpcouple       = -1
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