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标题: 求助：含有非标准残基的多肽与蛋白之间共价结合的分子动力学模拟 [打印本页]

作者
Author: scy122 时间: 2023-10-11 10:35
标题: 求助：含有非标准残基的多肽与蛋白之间共价结合的分子动力学模拟
各位老师好，最近设计了一系列含有非标准残基的多肽序列，想利用分子动力学方法模拟其与受体蛋白特定位点形成共价键后形成的复合物，因为之前之做过小分子与蛋白之间的共价结合（即将连有小分子的氨基酸当作非标准残基，计算电荷后进行动力学模拟），想请教各位老师这种非标准残基形成的共价键存在于两个多肽/蛋白或蛋白/蛋白之间时应该怎么创建模拟的拓扑文件，另外这样的体系怎样计算结合自由能，谢谢。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-10-11 13:01
什么叫存在于之间？一个蛋白的非标准残基的侧链和另一个蛋白形成了共价键？

作者
Author: scy122 时间: 2023-10-12 08:55

sobereva 发表于 2023-10-11 13:01
什么叫存在于之间？一个蛋白的非标准残基的侧链和另一个蛋白形成了共价键？

是的老师，多肽中的一个非标准残基与蛋白中的某一丝氨酸残基之间形成一个共价键

作者
Author: sobereva 时间: 2023-10-13 04:28

scy122 发表于 2023-10-12 08:55
是的老师，多肽中的一个非标准残基与蛋白中的某一丝氨酸残基之间形成一个共价键

参考GROMACS对二硫键的处理机制弄拓扑文件

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