计算化学公社

标题: sobtop运行时闪退 [打印本页]

作者
Author: 姜酱将 时间: 2023-10-11 20:16
标题: sobtop运行时闪退
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(, 下载次数 Times of downloads: 2)
这两个文件一个是用packmol构建的pdb文件，另一个则是用open babel转换后的mol2文件，我将mol2文件导入sobtop后直接闪退，请教一下原因。

作者
Author: pal 时间: 2023-10-11 20:46
大概率是文件格式有问题，用MS之类重新保存一次

作者
Author: sobereva 时间: 2023-10-11 20:59
内容明显不合理，比如
532  C i    12.8190 4.6790 51.3390 C.3 10  MOL10    -0.0655
533  C i    11.8650 5.7960 50.9180 C.3 10  MOL10    -0.0588
534  C i    11.2840 5.5780 49.5200 C.3 10  MOL10    -0.0655
里面的i是什么鬼

文件应当满足标准格式要求，看
谈谈记录化学体系结构的mol2文件
http://sobereva.com/655（http://bbs.keinsci.com/thread-34520-1-1.html）

作者
Author: 姜酱将 时间: 2023-10-11 22:51

sobereva 发表于 2023-10-11 20:59
内容明显不合理，比如
532 C i 12.8190 4.6790 51.3390 C.3 10 MOL10 -0.0655
...

社长好，这里面的i是openbabel自动生成的

作者
Author: 姜酱将 时间: 2023-10-11 22:53

pal 发表于 2023-10-11 20:46
大概率是文件格式有问题，用MS之类重新保存一次

我试过了，不太行

作者
Author: pal 时间: 2023-10-12 09:03
用MS打开pdb然后重新保存为mol2的可以打开

作者
Author: 姜酱将 时间: 2023-10-12 16:01

pal 发表于 2023-10-12 09:03
用MS打开pdb然后重新保存为mol2的可以打开

已经好了，谢谢您

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