计算化学公社

标题: 求助：重水的析氢电位和去溶剂化能的问题 [打印本页]

作者
Author: 绫波レイ 时间: 2023-10-11 21:22
标题: 求助：重水的析氢电位和去溶剂化能的问题
各位老师，与实验合作，通过重水模型运用Gromacs进行动力学模拟后，实验合作者想计算重水的析氢电位和去溶剂化能

试了几天的隐式模型，突然意识到普通水和重水的结构以及能量都是一致的，想问下还有什么能计算的方法吗？谢谢啦

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-10-11 21:39
结构和能量确实是一致的，但自由能校正不同。水和重水的区别主要体现在自由能校正上面。此外水和重水的热平均结构也不同，但那个得用MD或非谐性振子模型（例如用VPT2算）才能算出来

作者
Author: 绫波レイ 时间: 2023-10-16 10:13

wzkchem5 发表于 2023-10-11 21:39
结构和能量确实是一致的，但自由能校正不同。水和重水的区别主要体现在自由能校正上面。此外水和重水的热平 ...

谢谢回复。

请问：
1、自由能校正是看《谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算》http://sobereva.com/327这篇吗？我的想法是水和重水计算运用常见的量子计算方法和基组得到的应该都没差别。

2、MD我构建了重水力场，统计RDF和配位数，如果想看热平均结构应该如何操作呢？

3、VPT2等方法做非谐振校正，是不是看《谈谈谐振频率校正因子》http://sobereva.com/221以及《使用Shermo结合量子化学程序计算分子的各种热力学数据示例》（http://sobereva.com/552）？

问题有点多，还请见谅，再次感谢

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-10-16 16:04

绫波レイ发表于 2023-10-16 03:13
谢谢回复。

请问：

1. 当且仅当谐振近似对你的体系适用时应该这么做，否则考虑用VPT2或MD
2. 统计水分子的平均O-H键长、平均H-O-H键角
3. 不是，校正因子和VPT2是两码事，如果你用高斯做计算，看高斯官网对于freq=anharmonic关键词的说明；如果用orca，在orca手册里搜VPT2

作者
Author: 绫波レイ 时间: 2023-10-20 15:08

wzkchem5 发表于 2023-10-16 16:04
1. 当且仅当谐振近似对你的体系适用时应该这么做，否则考虑用VPT2或MD
2. 统计水分子的平均O-H键长、平 ...

感谢回复，现在正用MD统计水分子的平均O-H键长和平均H-O-H键角

看到文献中，有用B3LYP-D3/def2TZVP来计算bond dissociation energy(BDE)和ZPE，其中BDE用水变成•H/•D 和 •OH/•OD的焓变来表示。

先问下，这种焓变计算是在哪一步区分出了重水和普通水呢？社里是否有相应的资料可以学习呢，谢谢

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-10-20 23:15

绫波レイ发表于 2023-10-20 08:08
感谢回复，现在正用MD统计水分子的平均O-H键长和平均H-O-H键角

看到文献中，有用B3LYP-D3/def2TZVP来 ...

看https://chemrxiv.org/engage/chem ... b4f0f50db2bc7396be2

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