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标题: 求助gromacs中对氢键数量进行分析的结果 [打印本页]

作者
Author: zy12 时间: 2023-10-12 11:08
标题: 求助gromacs中对氢键数量进行分析的结果
下面是使用gmx hbond做氢键分析得到的氢键数量结果。gromacs在判定氢键应该有两个标准，一个是氢键距离R<=0.35nm，另一个是角度<=30°。请问为啥分析完后，第三列数据反而比第二列数据少？是程序Bug吗
@ title "Hydrogen Bonds"
@ xaxis  label "Time (ps)"
@ yaxis  label "Number"
@TYPE xy
@ view 0.15, 0.15, 0.75, 0.85
@ legend on
@ legend box on
@ legend loctype view
@ legend 0.78, 0.8
@ legend length 2
@ s0 legend "Hydrogen bonds"
@ s1 legend "Pairs within 0.35 nm"
      0       71       48
      4       72       42
      8       72       43
      12       73       47
      16       76       56
      20       75       42
      24       75       51
      28       75       48
      32       78       39
      36       74       50
      40       76       48
      44       71       40
      48       71       47
      52       75       41
      56       77       48
      60       69       46
      64       77       40
      68       77       51
      72       71       43
      76       72       46
      80       78       58
      84       71       42
      88       77       49
      92       76       47
      96       74       51
   100       73       52
   104       70       47
   108       78       45
   112       69       56
   116       76       51

作者
Author: sobereva 时间: 2023-10-12 11:29
正确理解第三列的含义
参看北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）的ppt：

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作者
Author: zy12 时间: 2023-10-12 13:17

sobereva 发表于 2023-10-12 11:29
正确理解第三列的含义
参看北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_co ...

明白了，谢谢sob老师！

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