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标题: gmx cluster命令得出的histo-clust.xvg图像的含义是什么 [打印本页]

作者
Author: pu1p 时间: 2023-10-12 14:32
标题: gmx cluster命令得出的histo-clust.xvg图像的含义是什么
各位老师好，gmx cluster命令得出的histo-clust.xvg图像纵坐标的含义是什么，是包含n个原子的团簇出现的频率还是概率？以及这个图像的计算公式是什么？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-10-13 04:00
每一帧中不同尺寸簇的平均数目
比如1是128.403，代表含1个分子的簇的数目取时间平均是128.403，即平均每帧有128.403个含1个分子的簇

作者
Author: pu1p 时间: 2023-10-15 11:50

sobereva 发表于 2023-10-13 04:00
每一帧中不同尺寸簇的平均数目
比如1是128.403，代表含1个分子的簇的数目取时间平均是128.403，即平均每帧 ...

谢谢sob老师，想请问一下这个图的计算公式是什么，我在GROMACS 用户手册以及其他地方都没查到

作者
Author: sobereva 时间: 2023-10-15 16:04

pu1p 发表于 2023-10-15 11:50
谢谢sob老师，想请问一下这个图的计算公式是什么，我在GROMACS 用户手册以及其他地方都没查到

对于N个分子的簇，把所有帧里所有这样的簇的数目相加，除以帧数

作者
Author: pu1p 时间: 2023-10-15 18:45

pu1p 发表于 2023-10-15 11:50
谢谢sob老师，想请问一下这个图的计算公式是什么，我在GROMACS 用户手册以及其他地方都没查到

谢谢sob老师的解答

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