计算化学公社

标题: gromacs中如何统计π-π相互作用数目 [打印本页]

作者
Author: pu1p 时间: 2023-10-12 14:36
标题: gromacs中如何统计π-π相互作用数目
各位老师好，请问gromacs中如何统计分子间π-π相互作用数目，据我所知貌似没有这个指令，那在Multiwfn或其他软件中能否实现？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-10-13 04:02
如果就统计一帧的话，用Multiwfn绘制IRI图，肉眼一看就知道有多少pi-pi作用
使用IRI方法图形化考察化学体系中的化学键和弱相互作用
http://sobereva.com/598（http://bbs.keinsci.com/thread-23457-1-1.html）

如果是对轨迹进行统计，只能自己定义一些几何参数，比如环之间的距离、夹角等，作为判断阈值。可以自己写tcl脚本实现，也可以参考比如
计算分子动力学轨迹中两个环平面间的距离和夹角
http://sobereva.com/590（http://bbs.keinsci.com/thread-21806-1-1.html）

作者
Author: pu1p 时间: 2023-10-15 11:47
感谢sob老师解答

作者
Author: NGC626 时间: 2025-8-2 11:08

sobereva 发表于 2023-10-13 04:02
如果就统计一帧的话，用Multiwfn绘制IRI图，肉眼一看就知道有多少pi-pi作用
使用IRI方法图形化考察化学体 ...

sob老师好，请问如果想要用IRI-pai统计动力学中某一帧的pai-pai作用的话，只有结构信息和原子类型，应该如何获取体系的波函数信息呢？体系的原子数比较多，大概有数万个原子

作者
Author: sobereva 时间: 2025-8-2 21:13

NGC626 发表于 2025-8-2 11:08
sob老师好，请问如果想要用IRI-pai统计动力学中某一帧的pai-pai作用的话，只有结构信息和原子类型，应该 ...

那叫pi不叫pai

当前情况不适合IRI-pi，即便只依赖于结构信息的mIGM或aIGM也算不动，顶多是从盒子里抠出有代表性的一部分团簇进行这类分析讨论。如果要全面考察pi-pi作用出现的数目以及随时间的变化，需要自己写脚本基于几何判据对轨迹进行分析

作者
Author: NGC626 时间: 2025-8-4 16:03

sobereva 发表于 2025-8-2 21:13
那叫pi不叫pai

当前情况不适合IRI-pi，即便只依赖于结构信息的mIGM或aIGM也算不动，顶多是从盒子里抠 ...

谢谢sob老师

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