计算化学公社

标题: Gromacs模拟ZnSO4水溶液中Zn(H2O)N2+配位数比文献小很多 [打印本页]

作者
Author: alverez 时间: 2023-10-12 21:44
标题: Gromacs模拟ZnSO4水溶液中Zn(H2O)N2+配位数比文献小很多
   老师同学们好，最近做gromacs模拟1MZnSO4水溶液体系的MD模拟，想着溶液组分调控做电池负极保护，其中H2O的itp文件用的SPCE模型，SO4根的itp用的是acpype,Zn2+离子的itp用的是amber03力场自带的LJ参数。文献里面理论的Zn(H2O)6 2+结构，rdf算出来的配位数是5.8左右。
   目前遇到的问题是不论怎么调整LJ参数，调整原子的scale charge， Zn-H2O的配位数都是在4到4.8之间，和文献报道的差距很远，不知道为什么。我看文献里用lammps算的比较多，算的比较准不知道自己哪里出问题了，来这里请教一下大家。
   我目前的水平是初级入门，对怎么拟合金属-氧（水）的键长和取到合适的LJ参数还不是很了解，会用sobtop制作itp文件。感谢大家宝贵的时间指教，谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2023-10-13 03:59
非要重复文献的话文献里用什么参数你就用什么参数

作者
Author: alverez 时间: 2023-10-14 16:29
Development and Validation of an Integrated ComputationalApproach for the Study of Ionic Species in Solution by Meansof Effective Two-Body Potentials. The Case of Zn2+,Ni2+, andCo2+in Aqueous Solutions 应该是涉及到gromacs高级操作了，这个文献和我模拟的结果趋势很相似，难怪文献用lammps用的比较多

作者
Author: slxc920113 时间: 2023-10-14 19:43

alverez 发表于 2023-10-14 16:29
Development and Validation of an Integrated ComputationalApproach for the Study of Ionic Species in ...

Zn2+用Merz力场，不需要调整电荷，用默认的参数很容易就能复现

作者
Author: sobereva 时间: 2023-10-14 19:59
金属离子的Merz力场参数在GROMACS里直接就能用（只不过如果用AMBER的话还可以用更好的12-6-4形式，而不限于12-6形式），多原子离子直接就能用sobtop产生拓扑文件，没有什么非要用lammps的地方

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作者
Author: alverez 时间: 2023-10-15 16:04

sobereva 发表于 2023-10-14 19:59
金属离子的Merz力场参数在GROMACS里直接就能用（只不过如果用AMBER的话还可以用更好的12-6-4形式，而不限于 ...

这种方法好像要换软件了，培训班用的是NH4NO3 溶液，sobtop 产生top文件，merz力场好像就一张ppt就没了
Afterwards you can use the new 1D23_solv_1264_na_tip4pew.prmtop and 1D23_solv_1264_na_tip4pew.inpcrd files to perform the simulations now. Make sure you added "lj1264=1" in the control list of the input files if you are using Amber14 or lower version (please check lj1264 in manual for more details).

作者
Author: alverez 时间: 2023-10-15 16:05
这种merz的LJ-12-6-4方法好像要换软件了，培训班用的是NH4NO3 溶液，sobtop 产生top文件，merz力场好像就一张ppt就没了
Afterwards you can use the new 1D23_solv_1264_na_tip4pew.prmtop and 1D23_solv_1264_na_tip4pew.inpcrd files to perform the simulations now. Make sure you added "lj1264=1" in the control list of the input files if you are using Amber14 or lower version (please check lj1264 in manual for more details).
详情连接：https://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial20/12_6_4.php

作者
Author: alverez 时间: 2023-10-15 16:06

slxc920113 发表于 2023-10-14 19:43
Zn2+用Merz力场，不需要调整电荷，用默认的参数很容易就能复现

请问是要换amber软件了吗，https://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial20/12_6_4.php

作者
Author: slxc920113 时间: 2023-10-16 16:38

alverez 发表于 2023-10-15 16:06
请问是要换amber软件了吗，https://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial20/12_6_4.php

Gromacs可以用12-6形式，下面这个就是Zn2+搭配OPC3水模型的Merz力场参数。
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作者
Author: ttwang 时间: 2024-9-11 14:31
求一下博主参考的文献，我也需要模拟这个

作者
Author: AnnieXu 时间: 2025-11-25 20:55

slxc920113 发表于 2023-10-14 19:43
Zn2+用Merz力场，不需要调整电荷，用默认的参数很容易就能复现

您好，我用OPC3水+Merz/IOD/OPC3锌离子，虽然配位数为5.4，但还是要通过电荷缩放到0.75，离子才不会聚集在一起

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