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标题: 如何使用Multiwfn分析分子内某个基团与其他基团间的范德华相互作用程度 [打印本页]

作者
Author: ZCB123 时间: 2023-10-13 12:33
标题: 如何使用Multiwfn分析分子内某个基团与其他基团间的范德华相互作用程度
各位老师好！

投稿JACS时，reviewer让我们分析分子内其中一个基团（三氟甲基）与分子内其他基团间的相互作用程度。我们觉得使用Multiwfn + VMD绘制的范德华相互穿透图比较适合回应此问题。但是，只有分子间的方法，分子内不同基团间如何绘制？

在论文中，我们比较两个分子的单晶结构，带三氟甲基的分子平面性更好，带三氯甲基的分子平面扭曲。我们认为三氯甲基更大，造成分子内拥挤，使得平面扭曲。reviewer想让我们用数据支持这个论点。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-10-13 12:38
把分子拆成两个片段计算即可

某些情况下也可以用Multiwfn绘制IRI或IGMH图体现
使用Multiwfn做IGMH分析非常清晰直观地展现化学体系中的相互作用
http://sobereva.com/621（http://bbs.keinsci.com/thread-28147-1-1.html）

使用IRI方法图形化考察化学体系中的化学键和弱相互作用
http://sobereva.com/598（http://bbs.keinsci.com/thread-23457-1-1.html）

作者
Author: ZCB123 时间: 2023-10-13 17:39

sobereva 发表于 2023-10-13 12:38
把分子拆成两个片段计算即可

某些情况下也可以用Multiwfn绘制IRI或IGMH图体现

非常感谢老师！请问老师，直接把相应基团的共价键断开后。在计算单点的时候，是否需要在断开处各补上一个氢原子。还是断开后直接计算单点？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-10-13 17:53

ZCB123 发表于 2023-10-13 17:39
非常感谢老师！请问老师，直接把相应基团的共价键断开后。在计算单点的时候，是否需要在断开处各补上一个 ...

最好补。但注意如果补完了之后位阻大，应该多截掉一点

作者
Author: ZCB123 时间: 2023-10-13 21:10

sobereva 发表于 2023-10-13 17:53
最好补。但注意如果补完了之后位阻大，应该多截掉一点

真的太感谢老师了！

老师，您最后说的“多截掉一点”，是指哪里多截掉一点？

我是把仅优化氢原子后的结构，在gaussview打开，把断开处的共价键以及分子内除目标基团外的其他原子都直接完全删掉，然后直接在断开处的碳原子点击加氢，然后直接算单点；另外一个片段也是按同样的做法删掉目标基团和共价键，然后在断开处的原子点击加氢，算单点。这样做可以吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-10-14 00:28

ZCB123 发表于 2023-10-13 21:10
真的太感谢老师了！

老师，您最后说的“多截掉一点”，是指哪里多截掉一点？

最好拿加完氢的图说事
如果加完氢，截断处没有不合理的接触就可以

作者
Author: ZCB123 时间: 2023-10-14 10:17

sobereva 发表于 2023-10-14 00:28
最好拿加完氢的图说事
如果加完氢，截断处没有不合理的接触就可以

好的，明白了，非常感谢老师的答疑。

作者
Author: ZCB123 时间: 2023-10-18 09:49

sobereva 发表于 2023-10-14 00:28
最好拿加完氢的图说事
如果加完氢，截断处没有不合理的接触就可以

老师好！

由于断开处的共价键的键长比较短，分别在两端加上一个氢原子后，做范德华穿透图时，无法避免不合理接触。

不过，我考察范德华相互作用的地方不在断开处，附图中，绿色箭头是添加的氢原子，黄色箭头处是需要考察的分子内两个基团间的范德华作用程度，请问这样的数据可以使用吗？

或者还有什么更好的方法来解决审稿人的问题吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-10-18 22:03

ZCB123 发表于 2023-10-18 09:49
老师好！

由于断开处的共价键的键长比较短，分别在两端加上一个氢原子后，做范德华穿透图时，无法避 ...

这个图可以说明问题

作者
Author: ZCB123 时间: 2023-10-19 11:02

sobereva 发表于 2023-10-18 22:03
这个图可以说明问题

好的，那我放心用了，谢谢老师！

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