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标题: gromacs做模拟时，nvt和npt早已平衡，但结果rsmd为什么会随这两部分时间延长而变小？ [打印本页]

作者
Author: syxiao 时间: 2023-10-13 16:56
标题: gromacs做模拟时，nvt和npt早已平衡，但结果rsmd为什么会随这两部分时间延长而变小？
本帖最后由 syxiao 于 2023-10-13 16:58 编辑

背景：想测两个蛋白质的结合能，先用swiss-model获得pdb结构，再用hdock进行初次对接，再用gromacs进行模拟，最后用gmx_mmpbsa测结合能。
问题：我是个小白，了解到通过rsmd可以看体系是否平衡，最初设置nvt.mdp和npt.mdp中的nsteps = 50000，发现温度、压强、密度都平衡了（如下），然后跑了30ns发现体系还是没有平衡，rsmd如下：

(, 下载次数 Times of downloads: 2) (, 下载次数 Times of downloads: 2) (, 下载次数 Times of downloads: 2) (, 下载次数 Times of downloads: 2)
然后我尝试把nvt和npt的nsteps都设置为150000，其中温度、压强、密度都还是平衡在差不多的位置，但是rsmd变小了，变化还挺大的，这是为什么呢？以及rsmd变成了如下这个样子，我可以认为体系已经平衡了吗？

(, 下载次数 Times of downloads: 2)

作者
Author: syxiao 时间: 2023-10-13 16:59
希望有大佬知道的话能解答一下，提前感谢

作者
Author: sobereva 时间: 2023-10-13 18:11
那叫RMSD
参考此文
谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡
http://sobereva.com/627（http://bbs.keinsci.com/thread-27122-1-1.html）

作者
Author: syxiao 时间: 2023-10-13 20:34

sobereva 发表于 2023-10-13 18:11
那叫RMSD
参考此文
谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡

非常不好意思打错了RMSD

，谢谢sob老师

作者
Author: syxiao 时间: 2023-10-13 20:40

sobereva 发表于 2023-10-13 18:11
那叫RMSD
参考此文
谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡

那老师我还是想问一下您，如果在温度和压强什么的都稳定了的情况下再去延长nvt和npt的时长会对最后正式模拟产生影响吗？就我这边试验了一下，好像确实是有影响的

作者
Author: sobereva 时间: 2023-10-13 20:42

syxiao 发表于 2023-10-13 20:40
那老师我还是想问一下您，如果在温度和压强什么的都稳定了的情况下再去延长nvt和npt的时长会对最后正式模 ...

博文里说了，蛋白质体系的平衡看的不是温度、压强这些很容易达到平衡的量

作者
Author: syxiao 时间: 2023-10-13 22:03

sobereva 发表于 2023-10-13 20:42
博文里说了，蛋白质体系的平衡看的不是温度、压强这些很容易达到平衡的量

好的老师，我和别人讨论了一下，我们都明白了！感谢sob老师！！！

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