计算化学公社

标题: gromacs出现Syntax error - File CH4.itp, line 3“错误 [打印本页]

作者
Author: 姜酱将 时间: 2023-10-13 22:09
标题: gromacs出现Syntax error - File CH4.itp, line 3“错误
本帖最后由姜酱将于 2023-10-13 22:15 编辑

(, 下载次数 Times of downloads: 5)
(, 下载次数 Times of downloads: 15)
(, 下载次数 Times of downloads: 0)
(, 下载次数 Times of downloads: 8)
(, 下载次数 Times of downloads: 3)
上面是sobtop生成的itp以及gro文件，Layer.top文件已被我修改为:
#include gra_vmd.itp
#include CH4.itp
#include C12H26.itp
运行能量最小化mdp(文件来自于sob老师某一篇贴文回复：http://bbs.keinsci.com/thread-28452-1-1.html)时出现图示报错，请教各位该如何解决？gra_vmd.itp文件可以正确读取，但由于大小限制无法上传，所以在附件中未有此文件。
(, 下载次数 Times of downloads: 8)

作者
Author: sobereva 时间: 2023-10-14 00:14
老生常谈的问题，参看北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）的ppt

(, 下载次数 Times of downloads: 11)

诸如你的CH4.itp里有[ atomtypes ]字段，在定义了[ moleculetype ]的gra_vmd.itp之后include，明显不行

作者
Author: themanell 时间: 2023-12-1 10:50

sobereva 发表于 2023-10-14 00:14
老生常谈的问题

sob老师您好，您的意思是吧小分子的[atomtypes]字段剪切到top文件的[moleculetype]的前面吗

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-2 11:01

themanell 发表于 2023-12-1 10:50
sob老师您好，您的意思是吧小分子的[atomtypes]字段剪切到top文件的[moleculetype]的前面吗

是

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)