计算化学公社

标题: C-I-TASSER预测的多肽结构可以直接做gromacs的分子动力学模拟吗？ [打印本页]

作者
Author: ppisoncomputer 时间: 2023-10-14 22:08
标题: C-I-TASSER预测的多肽结构可以直接做gromacs的分子动力学模拟吗？
如题。由于是自己的多肽，所以通过citasser预测的结构，但是不确定能不能直接在gromacs 使用pdb2gmx获得拓扑文件做接下来的模拟呢？求问各位老师~

作者
Author: sobereva 时间: 2023-10-14 22:36
citasser我不清楚，只要pdb文件里原子名和残基名符合IUPAC规范，pdb2gmx就能读取

作者
Author: ppisoncomputer 时间: 2023-10-15 17:46

sobereva 发表于 2023-10-14 22:36
citasser我不清楚，只要pdb文件里原子名和残基名符合IUPAC规范，pdb2gmx就能读取

谢谢老师~还想求问老师如果是已知氨基酸序列的情况下推荐什么方法获得相关结构呢~

作者
Author: 对抗路达摩 时间: 2023-10-15 19:47

ppisoncomputer 发表于 2023-10-15 17:46
谢谢老师~还想求问老师如果是已知氨基酸序列的情况下推荐什么方法获得相关结构呢~

多大的多肽？少于20个直接从extended structure跑MD也不是不行。

作者
Author: jim 时间: 2023-10-15 20:06
通过这个在线预测也有Predicted Ligand Binding Sites，我是准备从这个预测结果试试GMX。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-10-15 21:28

ppisoncomputer 发表于 2023-10-15 17:46
谢谢老师~还想求问老师如果是已知氨基酸序列的情况下推荐什么方法获得相关结构呢~

几种基于氨基酸序列构建很简单蛋白质三维结构的工具
http://sobereva.com/687（http://bbs.keinsci.com/thread-40331-1-1.html）

作者
Author: ppisoncomputer 时间: 2023-10-16 13:47

对抗路达摩发表于 2023-10-15 19:47
多大的多肽？少于20个直接从extended structure跑MD也不是不行。

26个氨基酸我直接用pdb2gmx charmm36跑了一下水模型跑了50ns rmsd还没稳定而且部分基团还跑到盒子外面了……不知道跟结构不对有没有关系

作者
Author: ppisoncomputer 时间: 2023-10-16 13:47

sobereva 发表于 2023-10-15 21:28
几种基于氨基酸序列构建很简单蛋白质三维结构的工具
http://sobereva.com/687（http://bbs.keinsci.com ...

谢谢老师我学习一下！

作者
Author: keeper14335 时间: 2025-11-6 10:37
您好，请问您用的是C-I-tasser的在线工具还是软件包呢？我现在使用在线工具提交作业总提示服务器内部错误，您遇到过这种情况吗

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