计算化学公社

标题: 求助：脂质分子生成拓扑与计算化学求合作 [打印本页]

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Author: zzz1234 时间: 2023-10-15 09:19
标题: 求助：脂质分子生成拓扑与计算化学求合作
本帖最后由 zzz1234 于 2023-10-15 13:07 编辑

本人非化学专业博士生，主要研究一些非常规脂类分子，自学了分子动力学模拟，之前是通过ATB生成拓扑文件，但是模拟的结果较差，与实验值存在差距。也了解sobtop、multiwfn等工具可以生成更高精度的拓扑，但是本人尝试N次后软件总是安装不成功，且没有太多精力学习其中细节，也考虑过粗粒度化的auto-martini，但是也安装困难。因此想寻求合作，论文可署名（排名至少前三），目标是专业top(非化学)或者综合性期刊。此外也有一些别的idea，需要计算化学手段的帮助。有意者跟帖交流或者消息与我联系！

作者
Author: 牧生 时间: 2023-10-15 12:12

也了解sobtop、multiwfn等工具可以生成更高精度的拓扑，但是本人尝试N次后软件总是安装不成功

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解压即可用的软件，你都无法用起来，你已经可以放弃计算化学了。

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Author: zzz1234 时间: 2023-10-15 13:11

牧生发表于 2023-10-15 12:12
解压即可用的软件，你都无法用起来，你已经可以放弃计算化学了。

sobtop可以用起来，但是multiwfn一直安装失败，而且看教程感觉很复杂。所以想找人合作，毕竟也不是这个专业的，没有什么理论基础

作者
Author: sobereva 时间: 2023-10-15 16:09

zzz1234 发表于 2023-10-15 13:11
sobtop可以用起来，但是multiwfn一直安装失败，而且看教程感觉很复杂。所以想找人合作，毕竟也不是这个专 ...

Multiwfn的手册、教程写得中学生都能懂，输入的所有命令、解释都写得清清楚楚，完整的例子文件还都特意提供了，这都叫复杂的话，计算化学领域里几乎就没有不复杂的。

什么叫安装失败，Multiwfn的windows版解压完了双击exe图标就能用，载入文件后按照提示敲几下键盘诸如RESP电荷结果就出来了，还怎么更傻瓜化

作者
Author: zzz1234 时间: 2023-10-15 17:22

sobereva 发表于 2023-10-15 16:09
Multiwfn的手册、教程写得中学生都能懂，输入的所有命令、解释都写得清清楚楚，完整的例子文件还都特意提 ...

主要是安装ORCA以及配置各种环境比较麻烦，我再去学习一下

作者
Author: 牧生 时间: 2023-10-15 20:19
本帖最后由牧生于 2023-10-15 20:31 编辑

zzz1234 发表于 2023-10-15 17:22
主要是安装ORCA以及配置各种环境比较麻烦，我再去学习一下

orca的win版，需要先安装MSMPI。就是下载MSMPI软件，下一步下一步点完了就行。然后把orca的三个压缩包都解压到同一个文件夹（为省事，你可以在这里下载http://bbs.keinsci.com/thread-6392-1-1.html，但建议你用科学的方式去注册个账号），比如D:\orca504。就这两步，安装过程就完事了。用orca做计算时，命令就用 D:\orca504\orca.exe ABC.inp>ABC.out

至于linux版，略微复杂一丢丢，鉴于你连Multiwfn都觉得很难安装，我也就不多说了，先把以上的简单部分弄清楚再说。有兴趣的自己看http://bbs.keinsci.com/thread-11697-1-1.html

作者
Author: zzz1234 时间: 2023-10-15 22:34

牧生发表于 2023-10-15 20:19
orca的win版，需要先安装MSMPI。就是下载MSMPI软件，下一步下一步点完了就行。然后把orca的三个压缩包都 ...

感谢大佬
我之前是懒得在window装MPI，想着直接在超算上装，结果一直装不好

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