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标题: 求助：使用Gromacs探究不同pH下蛋白质的质子化问题 [打印本页]

作者
Author: wyxlfw 时间: 2023-10-15 22:17
标题: 求助：使用Gromacs探究不同pH下蛋白质的质子化问题
各位老师好，我想探究不同pH下，蛋白质与小分子的互作，首先我将蛋白质导入H++在线网站，并得到了pH=6下的蛋白质的pdb文件，但我在GMX使用-inter进行质子化时，命令界面一直保持着以下的状态，请问我是哪一步出了问题呢？
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作者
Author: Frozen-Penguin 时间: 2023-10-16 00:25
这是pdb2gmx程序发现这两个CYS之间可能有二硫键相连，询问是否需要连接。输入y然后确定就可以了。
默认情况下程序找到二硫键会自动连接，打开-inter选项后就会询问。

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