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标题: 多肽rmsd图分析 [打印本页]

作者
Author: ppisoncomputer 时间: 2023-10-16 16:18
标题: 多肽rmsd图分析
如题，使用的citasser模拟的多肽进行的水环境模拟，力场选择的charmm36，模拟了10ns，结果发现多肽后面跑到盒子边上了，看了sob老师的教程“可以用gmx trjconv结合-pbc mol使得转换出的新轨迹中的分子保持完整，计算RMSD前再经过叠合来消除蛋白质的整体运动”操作之后，rmsd图没有改变，附图分别为一个周期性增加的前后构象截图（感觉好像构象没有什么改变，只有位置的变化），一个是rmsd图。求各位老师看看是什么情况呢？

另外，我只是想先在水环境中看一下多肽的变化，后面想做的是多肽与脂质膜的模拟，请问这样的情况下，还能做接下来的模拟吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-10-18 04:07
不用管是否跑到了盒子边上
而且这和修正PBC记录方式是两码事
如果你想一直让分子在盒子中央呆着，一种做法是mdp里把这个分子对应的组设成消平动组，另一种做法是跑完之后用trjconv结合-center要求这个组居中

作者
Author: ppisoncomputer 时间: 2023-10-19 15:43

sobereva 发表于 2023-10-18 04:07
不用管是否跑到了盒子边上
而且这和修正PBC记录方式是两码事
如果你想一直让分子在盒子中央呆着，一种做 ...

谢谢老师回复！
但是还想问一下这个rmsd是不是证明多肽还没有平稳呢？我应该再增加时间跑一下吗？看到您的教程提到柔性小分子rmsd不稳定也是正常的，不知道可以不可以继续接下来的实验呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-10-20 08:12

ppisoncomputer 发表于 2023-10-19 15:43
谢谢老师回复！
但是还想问一下这个rmsd是不是证明多肽还没有平稳呢？我应该再增加时间跑一下吗？看到 ...

跑个几十ns也花不了什么时间，跑了再看看

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