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标题: GMX 模拟轨迹缺帧问题 [打印本页]

作者
Author: 臧臧 时间: 2023-10-16 16:21
标题: GMX 模拟轨迹缺帧问题
请教各位老师：
   我使用GMX在超算跑完100nsMD后，轨迹在VMD中只显示448*10帧(每隔10显示一帧)，但轨迹应该有500*10帧
   我检查了log，没有出现报错，且显示正常结束。使用gmx check 检查后，也显示，轨迹和时间都正确。
   另外，我重复模拟之后，所得到的轨迹帧数>500*100 (VMD加载不了)，但gmx check检查仍没有问题
   请问各位老师，这可能是哪里出现了问题？还请不吝赐教

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作者
Author: 臧臧 时间: 2023-10-16 16:35
VMD载入轨迹时，提示了这个：

gromacsplugin) Error reading timestep, file does not match format
gromacsplugin) Error reading timestep, file does not match format
gromacsplugin) Error reading timestep, file does not match format
gromacsplugin) Error reading timestep, file does not match format
gromacsplugin) Error reading timestep, file does not match format
gromacsplugin) Error reading timestep, file does not match format
gromacsplugin) Error reading timestep, file does not match format
gromacsplugin) Error reading timestep, file does not match format
gromacsplugin) Error reading timestep, file does not match format
gromacsplugin) Error reading timestep, file does not match format
Info) Coordinate I/O rate 11.6 frames/sec, 17 MB/sec, 38.6 sec

作者
Author: Frozen-Penguin 时间: 2023-10-16 19:55
看起来像文件损坏。
既然gromacs可以读取这个文件，可以考虑用gromacs将其转换为pdb格式。

作者
Author: 臧臧 时间: 2023-10-17 11:43

Frozen-Penguin 发表于 2023-10-16 19:55
看起来像文件损坏。
既然gromacs可以读取这个文件，可以考虑用gromacs将其转换为pdb格式。

谢谢老师回复。我把两条xtc都转化为pdb后，再载入VMD，均都显示418帧，依然缺帧。这就可能是我跑MD时文件的设置的问题，或者VMD的问题了。但找不到出错点

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