计算化学公社

标题: 求助 autodock vina 批量对接，有的可以，有的报错 [打印本页]

作者
Author: Wey 时间: 2023-10-16 16:30
标题: 求助 autodock vina 批量对接，有的可以，有的报错
本帖最后由 Wey 于 2023-10-16 21:48 编辑

用autodock vina 批量对接，大多数没有问题，有的没有对接结果，单独对接发现没有结果的都是这种报错，Parse error on line 185 in file "Lig7.pdbqt": Unknown or inappropriate tag

经过一番折腾，发现是pdbqt格式的问题，可视化能对接和不能对接的同一分子，分子的连接是没有错误的
将不能对接的分子pdbqt在autodocktool里又保存了一下pdbqt，其中有了这样的变动，能够成功对接了
我该如何批量来处理这些分子呢？还请各位老师帮忙看看

作者
Author: c00jsw00 时间: 2023-10-17 03:03
應該是ligand.pdbqt裡面資訊有問題建議:
1.安裝mgltools
2.prepare_ligand4.py -l ligand.mol2 -o ligand.pdbqt

作者
Author: Wey 时间: 2023-10-17 10:50

c00jsw00 发表于 2023-10-17 03:03
應該是ligand.pdbqt裡面資訊有問題建議:
1.安裝mgltools
2.prepare_ligand4.py -l ligand.mol2 -o ligand ...

谢谢您的建议~已经安装了window版本的mgltools，不知该版本能否批量转换小分子格式
尝试了一些办法但并未成功转换，能否请您说一下大致步骤，谢谢您~

作者
Author: c00jsw00 时间: 2023-10-26 07:11
1.安裝好後會在C:\Program Files (x86)\MGLTools-1.5.7\Lib\site-packages\AutoDockTools\Utilities24>python prepare_ligand4.py
2.可以使用cmd(要使用root進入) 進入該目錄 (也可以把MGLTOOL 安裝到其他目錄)
3.執行prepare_ligand4.py -l ligand.mol2 -o ligand.pdbqt 就可以產生
4.建議還是使用linux 比較方便
YT

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)