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标题: Gmx dipoles命令计算纯水体系介电常数的相关问题求助 [打印本页]

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Author: 王五 时间: 2023-10-16 16:33
标题: Gmx dipoles命令计算纯水体系介电常数的相关问题求助

各位大佬，我在利用gmx命令“gmx dipoles“计算纯水体系（水分子模型为spc/fw）的介电常数时遇到几个问题分别为：

1：我计算的是470K，200MPa下纯水体系的介电常数，利用-temp指定温度前后的计算结果分别为40.02和29.99，实验值为41.33，-temp反而使得误差增大，请问各位前辈这是什么原因？

2：命令中的-epsilonRF选项，是指定一个参数作为体系初始的介电常数吗？如果要模拟聚合物/水体系，但没有实验值作为参考，那么该选项用默认值得到的结果偏差是否会过大？

3：命令中的 -mu选项，手册中给的解释是单个分子的偶极矩，如果模拟聚合物/水体系，这个选项可否只使用水分子的偶极矩？

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