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标题: 求助：做离子液体动力学模拟前遇到警告体系总电荷为0.153570可以忽略警告吗？ [打印本页]

作者
Author: 马天湉 时间: 2023-10-17 10:27
标题: 求助：做离子液体动力学模拟前遇到警告体系总电荷为0.153570可以忽略警告吗？
做离子液体模拟体系总电荷为0.153570，可以忽略警告吗？如果需要加抗衡离子该如何加入？或者说需要替换相应原子电荷吗？因为我的itp里一个阳离子带的是1.0002个电荷，阴离子带-0.9999个电荷，所以导致体系总电荷不为0。itp文件来均源于LigParGen（http://zarbi.chem.yale.edu/ligpargen/）。

作者
Author: zdworld 时间: 2023-10-17 22:55
差这么点为什么不直接改改原本的电荷呢？又没影响

作者
Author: slxc920113 时间: 2023-10-17 22:59
手动修正一下小数点的误差，保证单分子的itp里面电荷是整数，多余的电荷选择几个较大值的原子微调一下。

作者
Author: 马天湉 时间: 2023-10-18 00:09

slxc920113 发表于 2023-10-17 22:59
手动修正一下小数点的误差，保证单分子的itp里面电荷是整数，多余的电荷选择几个较大值的原子微调一下。

好的感谢您的回复！

作者
Author: sobereva 时间: 2023-10-18 03:59
北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）里我专门提到了

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Author: 马天湉 时间: 2023-10-18 08:28

sobereva 发表于 2023-10-18 03:59
北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）里我专门提到了 ...

谢谢老师

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