计算化学公社

标题: 请问小分子和小分子之间进行对接有什么比较好的软件推荐 [打印本页]

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Author: liuaohua 时间: 2023-10-17 10:59
标题: 请问小分子和小分子之间进行对接有什么比较好的软件推荐
本帖最后由 liuaohua 于 2023-10-17 11:28 编辑

最近在做两个小分子之间对接，之前用autodock 4.0和autodock Vina都做过，计算出的结合能(大约-3kal/mol)和文献相差较大，不如文献（-15kal/mol）里的低，可能是因为文献里用高斯在最稳定的结合构型下模拟相互分子间的作用。网上说autodock软件一般做蛋白质和小分子的对接，所以我想咨询一下各位老师，如何缩小对接和文献里的结合能差距，还是因为对接软件的问题，有什么软件推荐吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-10-18 03:42
两个小分子之间根本不是用autodock的情况，应当用genmer+molclus做二聚体构型搜索，然后算相互作用能
仔细看
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html
genmer：生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html

不要24小时内在思想家公社QQ群和计算化学公社论坛里问同一问题，注意看群文件里群规，以及论坛置顶的论坛新社员必读贴，下次发现扣分处理

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Author: 喵星大佬 时间: 2023-10-18 06:28
其实这种情况可以用xtb的对接功能，在力场或者xTB级别产生完一些结构，最后从这些结构考虑体系大小选择合适的QM方法优化和计算结合能

作者
Author: liuaohua 时间: 2023-10-18 10:05

sobereva 发表于 2023-10-18 03:42
两个小分子之间根本不是用autodock的情况，应当用genmer+molclus做二聚体构型搜索，然后算相互作用能
仔 ...

好的，谢谢sob老师！下次注意！

作者
Author: liuaohua 时间: 2023-10-18 10:06

喵星大佬发表于 2023-10-18 06:28
其实这种情况可以用xtb的对接功能，在力场或者xTB级别产生完一些结构，最后从这些结构考虑体系大小选择合适 ...

好的老师，我去学习一下，感谢！

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