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标题: 求助：gromacs可行性以及MgO模型的建立相关问题 [打印本页]

作者
Author: ysrhhhh 时间: 2023-10-17 17:16
标题: 求助：gromacs可行性以及MgO模型的建立相关问题
求助大家：1.目前想实现MgO对于冰晶成核的影响同时还考虑MgO表面包覆PVP分子，不知道这个模拟过程能不能通过Gromacs来实现？

2.关于MgO的建模问题：现实中的MgO是六方片状，六方边长为100nm，厚度为20nm，但是考虑到建模的时候需要缩小尺寸，不知道边长和厚度是否要维持这个比例关系？另外materials studio能实现建立MgO六方片的模型吗？我之前只建立过球形的金属团簇模型，不知道建立这个六方片状模型过程是否类似，要不要通过切割的方法来获取？

(, 下载次数 Times of downloads: 3) 这是MgO实际的形状；

作者
Author: sobereva 时间: 2023-10-18 03:36
1 不要用PVP之类不是论坛里的人众所周知的缩写

2 不用维持。本来你就不可能建那么大的模型，能跑得动的体系只是MgO的一个局部表面，或者局部边缘，显然这跟MgO整体形态没关系

作者
Author: ysrhhhh 时间: 2023-10-18 09:27

sobereva 发表于 2023-10-18 03:36
1 不要用PVP之类不是论坛里的人众所周知的缩写

2 不用维持。本来你就不可能建那么大的模型，能跑得动的 ...

感谢社长的回复。
1.对于pvp的话，是聚乙烯吡咯烷酮(polyvinyl pyrrolidone)，简称PVP，是一种非离子型高分子化合物，可以用作是一种表面活性剂，它的形式如下，
[attach]76489[/attach]但是现实一般的分子量是8000-700000，所以想问一下进行分子模拟的时候该怎么处理这个分子量才是可行的，是将聚合度n取一个很小的值降低pvp的一个分子量吗？这样的话对比现实情况会不会有差异。
2.补充了上面的内容应该是可以通过gromacs实现的吧

3.我参考的文献他是使用的石墨烯来研究，它是直接就是薄薄的一层结构，这也和它本身的结构是契合的，而且还研究了冰晶对于它的一个相互作用，那根据社长的回答我可以理解为也可以将MgO设计成这种薄片的形状吗（但不是只有一层结构），然后将特殊的面设计为接触面。
(, 下载次数 Times of downloads: 4)

作者
Author: sobereva 时间: 2023-10-18 22:22

ysrhhhh 发表于 2023-10-18 09:27
感谢社长的回复。
1.对于pvp的话，是聚乙烯吡咯烷酮(polyvinyl pyrrolidone)，简称PVP，是一种非离子型 ...

1 原则上需要让模拟结果随n达到收敛，做收敛性测试最为严格但也最麻烦。实际中只要长到相对于盒子尺寸来说仿佛是非常长的就够了

2 可以

3 可以

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