计算化学公社

标题: Quantum ESPRESSO在Linux下用intel编译 [打印本页]

作者
Author: llc 时间: 2023-10-17 18:46
标题: Quantum ESPRESSO在Linux下用intel编译
本帖最后由 llc 于 2023-10-30 16:46 编辑

Intel 编译QE-7.0

0. 前言
按照sob老师的帖子Quantum ESPRESSO在Linux下的安装方法 - 第一性原理 (First Principle) - 计算化学公社 (keinsci.com)在我工作站上安装时，总是会有许多warning导致编译不成功（  我工作站的cpu为EPYC 7v12，128核，系统为Rocky Linux 9.1），更换qe和mpi版本都无济于事，于是尝试安装Intel编译器，顺利编译qe7.0。

1. 安装intel编译器
   首先去官网下载Download the Intel oneAPI HPC Toolkit安装包 l_HPCKit_p_2023.2.0.49440_offline.sh 和 l_onemkl_p_2023.2.0.49497_offline.sh，前一个是编译器，后面一个是mkl库，都下最新版本即可。然后上传到服务器。
   我这里以普通用户来进行安装。执行以下命令：
   chmod +x l_HPCKit_p_2023.2.0.49440_offline.sh  ##给文件执行权限
./l_HPCKit_p_2023.2.0.49440_offline.sh ##执行安装文件
然后会有提示，按上下左右键进行选择，一步步安装直到最后出现Modify选项的时候，代表安装结束。
以同样的方法安装mkl库：
chmod +x l_onemkl_p_2023.2.0.49497_offline.sh
./l_onemkl_p_2023.2.0.49497_offline.sh
intel 默认按装在用户目录，比如我的就是安装在/home/llc/下面，此时此目录下会有一个intel的文件夹，里面就是Intel加mkl库了。进入目录 /home/llc/intel/oneapi/，会发现有两个可执行文件，modulefiles-setup.sh和setvars.sh，前者用于生成一个路径文件，执行./modulefiles-setup.sh后，该目录下会多一个 modulefiles的文件夹，里面有各种变量的路径。然后执行
source ./ setvars.sh
将刚才产生的变量导入进当前shell窗口。此时可以执行以下命令查看是否安装成功：

icc --version
icpc --version
ifort --version
mpirun --version
echo $MKLROOT

如果可以正常输出，代表安装成功。此时环境的编译器都为intel的了。

2. 安装QE
官网下载qe安装包https://github.com/QEF/q-e/releases，解压，tar -zvxf qe-7.0-ReleasePack.tgz，进入解压出来的目录qe-7.0，执行
   ./configure  ##./configure后面可以加诸如--disable-parallel的指令，具体解释看Quantum ESPRESSO tutorial: Installation (uniud.it)
   make all install -j
没报错的话，qe-7.0目录会出现bin目录，里面有各种.x结尾的可执行程序，代表安装成功。

3. 添加路径
添加Intel编译器路径：source /home/llc/intel/oneapi/setvars.sh    #注意换成你自己的路径
添加QE路径：export PATH=$PATH:/home/llc/software/qe-7.0/bin/
此时重新打开终端就可以使用QE了

为了使 icc 和 gcc 隔离开，可以添加限制条件，使得输入特定指令之后才能加载intel编译器以及mkl数学库。这样不至于混乱，出现用gcc编译的软件不能用的情况。
alias qe70='export useqe70=Y;source ~/.bashrc'
if [ "$useqe70" == "Y" ]
then
      export PATH=$PATH:/home/llc/software/qe-7.0/bin/
      source /home/llc/intel/oneapi/setvars.sh
fi
这样打开新的终端时，不直接打开intel编译器，也不加载QE路径。只有在终端输入”qe70“时，才会加载intel编译环境和QE的路径。

4. 测试
   请参照sob老师的帖子Quantum ESPRESSO在Linux下的安装方法 - 第一性原理 (First Principle) - 计算化学公社 (keinsci.com)

作者
Author: Kitkim 时间: 2023-10-18 14:29
今天按照教程试了，谢谢大佬分享。有几个地方要完善一下，步骤1中的Intel的安装路径如果用root安装，那么就在/opt/下。如果有报错，还需要更换intel编译器。在./configure 命令后加 CC=icc F77=ifort CXX=icpc F90=ifort

作者
Author: llc 时间: 2023-10-19 09:38

Kitkim 发表于 2023-10-18 14:29
今天按照教程试了，谢谢大佬分享。有几个地方要完善一下，步骤1中的Intel的安装路径如果用root安装，那么就 ...

多谢完善root用户的安装方法。

作者
Author: Yara 时间: 2024-2-22 12:22
有大佬知道怎么下载新版本的oneapi吗，我的Linux操作系统太旧了

作者
Author: logzzz 时间: 2024-2-22 12:33
本帖最后由 logzzz 于 2024-2-22 12:35 编辑

Yara 发表于 2024-2-22 12:22
有大佬知道怎么下载新版本的oneapi吗，我的Linux操作系统太旧了

wget https://registrationcenter-downl ... 4.0.1.38_offline.sh

wget https://registrationcenter-downl ... 4.0.1.46_offline.sh

作者
Author: Yara 时间: 2024-2-22 16:32

logzzz 发表于 2024-2-22 12:33
wget https://registrationcenter-download.intel.com/akdlm/IRC_NAS/67c08c98-f311-4068-8b85-15d79c4f277 ...

不好意思，我发错了。应该是怎么下载旧版本的oneapi，因为我的操作系统比较旧，所以新版本的安装不上去

作者
Author: logzzz 时间: 2024-2-22 23:32
本帖最后由 logzzz 于 2024-2-23 09:27 编辑

Yara 发表于 2024-2-22 16:32
不好意思，我发错了。应该是怎么下载旧版本的oneapi，因为我的操作系统比较旧，所以新版本的安装不上去

最旧的就是2021版

https://registrationcenter-downl ... 3.0.3219_offline.sh

https://registrationcenter-downl ... 3.0.3230_offline.sh

我感觉Intel® Parallel Studio XE可以用的，我用2018的编一切，啥问题没有。。这个oneapi我还没用顺手。。

（链接来自于某乎：https://zhuanlan.zhihu.com/p/670055380，标注出处）

作者
Author: Eternal 时间: 2024-10-23 18:55
请问楼主有试过安装qe 7.3.1，我用楼主帖子说的同样方法可以安装qe 7.0，但是安装qe 7.3.1就不行

作者
Author: ultramanm87 时间: 2024-11-13 14:04

Eternal 发表于 2024-10-23 18:55
请问楼主有试过安装qe 7.3.1，我用楼主帖子说的同样方法可以安装qe 7.0，但是安装qe 7.3.1就不行

最近几个版本识别新的mkl就是有问题

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