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标题: gmx msd -ten 命令中输出各列的意义是什么？ [打印本页]

作者
Author: Jus 时间: 2023-10-17 21:30
标题: gmx msd -ten 命令中输出各列的意义是什么？
本帖最后由 Jus 于 2023-10-17 21:40 编辑

请教各位大佬以下三个问题：
问题1：gmx msd -ten 命令中输出的trace、xx、yy、zz、yx、zx、zy的意义都是什么。我的理解是xx、yy、zz计算的是一维扩散，仅考虑某一方向的扩散；yx、zx、zy是二维扩散，也就是界面上的扩散；
问题2：如果想要计算分子在z轴方向的扩散系数，能否用 zz 这一列的数据进行计算；
问题3：如果想要计算界面间的水平扩散，又应该怎样设置；
感谢大佬们的回复！

作者
Author: sobereva 时间: 2023-10-18 03:13
1 yx、zx、zy体现相应两个方向运动的耦合，不是用来算二维扩散的。二维扩散可以用-lateral

2 -type z

3 -lateral z，假设界面平行于XY

作者
Author: Jus 时间: 2023-10-18 10:30

sobereva 发表于 2023-10-18 03:13
1 yx、zx、zy体现相应两个方向运动的耦合，不是用来算二维扩散的。二维扩散可以用-lateral

2 -type z

明白了，非常感谢卢老师的回答！

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