计算化学公社
标题: hypervalent but has no d functions的问题 [打印本页]
作者Author: dashuo 时间: 2016-9-11 16:56
标题: hypervalent but has no d functions的问题
本帖最后由 dashuo 于 2016-9-12 09:54 编辑
请问Sob老师，我优化的团簇结构1有Cd，Se原子，泛函b3lyp赝势基组lanl2dz（lanl2），LOG文件出现[size=14.6667px]Se atom may behypervalent but has no d functions，能够正常收敛。另一团簇结构2含有C,H原子, b3lyp/631g(d) 也能够正常收敛。当我研究前述优化后两个团簇结构相互作用时，使用wb97xd/genecp，混合基组Cd,Selanl2dz，C,H,631g(d)，在高斯计算LOG文件出现 Se atom may behypervalent but has no d functions，但是LOG文件能够收敛，没有出现虚频，请问结果可靠吗，Se atom may be hypervalent but has no d functions是什么意思。
作者Author: liyuanhe211 时间: 2016-9-11 18:26
例如SF6分子中，但既然S成了6根键，所以一定有3d轨道参与，故计算它的基组至少应该包含d型基函数，所以高斯计算时会做一检测，粗略判断成键情况，如果超过sp价轨道的成键数目，就认为应该有d，使用LanL2DZ对主族、6-31G之类不带d基函数的基组就会警告你这样算出来的结果很可能不合理。
主族的Se换用LanL08d好不少。
作者Author: dashuo 时间: 2016-9-11 19:06
本帖最后由 dashuo 于 2016-9-11 19:32 编辑
十分感谢。
Se 用Lanlo8也不包含d吧，所以用Lanlo8d就包括了d吧，这样Se用Lanlo8d，Cd还用Lanl2dz就可以吧。
还有前述Cd,Se团簇与C,H团簇之间从实验角度看是不会形成化学键的，只有弱相互作用，计算输入文件时，我将Cd,Se团簇与C,H团簇边缘原子se与C原子几乎是挨着放着的，Se用Lanl2dz计算结果表明Cd,Se团簇与C,H团簇之间没有形成化学键，而且离开了几个A的距离，这样得到的两个团簇间作用的结论可以用吗。
作者Author: liyuanhe211 时间: 2016-9-12 00:55
是LanL08，不是LanLo8。LanL08d对过渡金属没有定义。
结构合理性上传结构文件（如输入文件）、至少至少贴个图，用语言描述只有你自己能想清楚。
作者Author: dashuo 时间: 2016-9-12 08:37
本帖最后由 dashuo 于 2016-9-12 09:56 编辑
我利用Lanl08基组计算Cd,Se团簇，LOG文件还是出现了[size=14.6667px]Se atom may behypervalent but has no d functions啊，优化结果能够收敛，无虚频。输入文件如下：
%nprocshared=12
%mem=2500MW
%chk=s1.chk
# opt freq=raman b3lyp/genecp geom=connectivity
CdSeLanl08
0 1
Cd 0.13324110 3.27134330 0.32978770
Se -1.02629352 5.56121281 0.11357603
Se 2.62365774 2.82897942 0.87881445
Cd 1.02513262 6.90509021 -0.66811298
Cd 3.76238300 4.50163193 -0.73189103
Se 3.45738762 6.96194632 0.08944438
Cd 4.52635819 7.95545236 -1.97388977
Se 4.52904576 7.09604507 -4.35840760
Cd 5.43211877 4.69650885 -4.02944569
Se 6.13700998 3.94976751 -1.65730814
Cd 2.07495637 6.21474284 -4.38198996
Se 0.26875626 7.49640913 -3.04639779
Cd -1.34309701 5.55828398 -2.45912344
Se 1.19055272 5.51563316 -6.73779912
Cd -0.21843262 3.68770382 -5.65778766
Se -0.44941040 0.96403359 -0.69782833
Cd -0.85945202 1.74764998 -3.11703928
Cd 2.12306196 0.94050526 -0.78283265
Se 3.79734355 0.11050813 -2.51513634
Cd 5.83100250 1.43872822 -1.81716581
Se 0.65685871 1.32638597 -5.17194307
Se 2.21963618 4.08215374 -2.83266437
Cd 2.96647138 1.94027751 -4.18317602
Se -2.22988377 3.73910875 -4.05254150
Se 4.80935862 2.88671706 -5.76678685
Cd 3.26330606 4.18364715 -7.30047756
1 2 1.0 3 1.0 16 1.0
2 4 1.0 13 1.0
3 5 1.0 18 1.0
4 6 1.0 12 1.0
5 6 1.0 10 1.0 22 1.0
6 7 1.0
7 8 1.0
8 9 1.0 11 1.0
9 10 1.0 25 1.0
10 20 1.0
11 12 1.0 14 1.0 22 1.0
12 13 1.0
13 24 1.0
14 15 1.0 26 1.0
15 21 1.0 24 1.0
16 17 1.0 18 1.0
17 21 1.0 24 1.0
18 19 1.0
19 20 1.0 23 1.0
20
21 23 1.0
22 23 1.0
23 25 1.0
24
25 26 1.0
26
Se 0
S 1 1.00
1.0330000 1.0000000
S 1 1.00
0.6521000 1.0000000
S 1 1.00
0.1660000 1.0000000
P 1 1.00
2.3660000 1.0000000
P 1 1.00
0.3833000 1.0000000
P 1 1.00
0.1186000 1.0000000
****
Cd 0
S 1 1.00
0.5095000 1.0000000
S 1 1.00
0.1924000 1.0000000
S 1 1.00
0.0544000 1.0000000
P 1 1.00
0.8270000 1.0000000
P 1 1.00
0.1287000 1.0000000
P 1 1.00
0.0405000 1.0000000
D 1 1.00
5.1480000 1.0000000
D 1 1.00
1.9660000 1.0000000
D 1 1.00
0.7360000 1.0000000
D 1 1.00
0.2479000 1.0000000
****
Se 0
SE-ECP 3 28
f-ul potential
5
1 433.1931336 -28.0000000
2 83.8952157 -214.3841762
2 18.5839139 -65.6918782
2 5.3955286 -24.6153932
2 1.7474326 -2.4481497
s-ul potential
5
0 202.8986193 3.0000000
1 78.3820487 62.0295390
2 35.0753037 258.8555984
2 10.8769543 118.7800153
2 2.8005941 38.2355279
p-ul potential
5
0 44.3011875 5.0000000
1 20.3874206 24.7973458
2 23.1889948 63.7575640
2 7.9777664 79.0512831
2 2.2988146 22.9520183
d-ul potential
5
0 73.3628263 3.0000000
1 48.3835618 22.4705907
2 25.6297211 140.5492887
2 7.1705822 63.5781835
2 1.3639538 7.0753614
Cd 0
CD-ECP 3 36
f-ul potential
7
0 350.0762490 -0.0613214
1 81.1757778 -24.9355593
2 24.7747818 -87.7728765
2 12.5760330 -19.0665030
2 4.9889712 -16.1901254
2 1.8449910 -3.9441254
2 0.5309494 -0.3097476
s-ul potential
5
0 54.5786193 2.9050102
1 16.0082316 39.6289198
2 5.2767462 57.4435790
2 0.9731070 90.2351166
2 0.9305646 -71.7139236
p-ul potential
4
0 41.3581766 1.9585463
1 12.1214982 37.5669844
2 3.4478806 44.0875104
2 0.9362175 12.5678599
d-ul potential
6
0 85.3710499 2.9753499
1 73.0500781 24.7054373
2 28.4262887 218.2163143
2 3.9450158 118.9945370
2 3.5349379 -82.4999671
2 0.6482194 -0.2413758
作者Author: liyuanhe211 时间: 2016-9-12 10:48
你自己下面定义的根本没有d，这也根本不是LanL08d
- Se 0
- S 1 1.00
- 1.0330000 1.0000000
- S 1 1.00
- 0.6521000 1.0000000
- S 1 1.00
- 0.1660000 1.0000000
- P 1 1.00
- 2.3660000 1.0000000
- P 1 1.00
- 0.3833000 1.0000000
- P 1 1.00
- 0.1186000 1.0000000
- ****
作者Author: dashuo 时间: 2016-9-12 11:10
是的，我误解你的意思了，我的意思是Cd,Se我用Lanl08算了一遍，没有解决d的问题。
作者Author: dashuo 时间: 2016-9-12 11:14
本帖最后由 dashuo 于 2016-9-12 11:29 编辑
十分感谢你的解答，受益很多。如果Se用Lanl08d，Cd还用Lanl2dz可以吧？下边的Lanl08d对吗，数据来自EMSL？
Se 0
S 1 1.00
1.0330000 1.0000000
S 1 1.00
0.6521000 1.0000000
S 1 1.00
0.1660000 1.0000000
P 1 1.00
2.3660000 1.0000000
P 1 1.00
0.3833000 1.0000000
P 1 1.00
0.1186000 1.0000000
P 1 1.00
0.0328000 1.0000000
D 1 1.00
0.3630000 1.0000000
****
Cd 0
lanl2dz
****
SE 0
SE-ECP 3 28
f-ul potential
5
1 433.1931336 -28.0000000
2 83.8952157 -214.3841762
2 18.5839139 -65.6918782
2 5.3955286 -24.6153932
2 1.7474326 -2.4481497
s-ul potential
5
0 202.8986193 3.0000000
1 78.3820487 62.0295390
2 35.0753037 258.8555984
2 10.8769543 118.7800153
2 2.8005941 38.2355279
p-ul potential
5
0 44.3011875 5.0000000
1 20.3874206 24.7973458
2 23.1889948 63.7575640
2 7.9777664 79.0512831
2 2.2988146 22.9520183
d-ul potential
5
0 73.3628263 3.0000000
1 48.3835618 22.4705907
2 25.6297211 140.5492887
2 7.1705822 63.5781835
2 1.3639538 7.0753614
Cd 0
lanl2dz
作者Author: sobereva 时间: 2016-9-12 13:52
格式对。
给Se用lanl08d的时候Cd用lanl2DZ显得明显太小了，最起码lanl2TZ，条件好点就用Lanl2TZ(f)
作者Author: dashuo 时间: 2016-9-12 13:57
十分感谢sob老师，我试着去做。
作者Author: csu-77 时间: 2021-1-14 15:02
sob老师，最近在算金属钴的配合物，用LanL2DZ一直收敛不了怎么回事呀，是基组选错了嘛，算Ni和Mn的时候都可以正常收敛
作者Author: sobereva 时间: 2021-1-15 07:49
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
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