计算化学公社

标题: 求助：pmemd的输出1-4 VDW值为什么很大？ [打印本页]

作者
Author: 灵芝5 时间: 2023-10-18 12:44
标题: 求助：pmemd的输出1-4 VDW值为什么很大？
本帖最后由灵芝5 于 2023-10-18 12:45 编辑

老师，您好！

我搭建了一个膜蛋白加小分子的体系，用amber18跑模拟。

在第一步能量最小化时，min.out文件中的1-4 VDW值很大，大约=54249850.3830，请问这是有问题吗？

另外，请问老师，min.out文件里的1-4 VDW、1-4 EEL、RESTRAINT、EAMBER 这些值分别代表什么意思呢？

作者
Author: abdoman 时间: 2023-10-18 16:39
amber说明书有解释，或者搜一下就有。
比如：http://archive.ambermd.org/201308/0239.html

话说，你这个咋是正值，而且还这么大呢？

作者
Author: 灵芝5 时间: 2023-10-18 20:22
本帖最后由灵芝5 于 2023-10-18 20:27 编辑

谢谢老师答复。

请问这些值的解释说明大约在amber18手册的第几章呢？

是呀，很奇怪，我跑其它体系的时候没有这么大的值。

老师，我之后又运行了加热。但是运行heat的时候，程序报错如下

min_1.out和heat.out上传到附件了。

作者
Author: abdoman 时间: 2023-10-19 08:40

灵芝5 发表于 2023-10-18 20:22
谢谢老师答复。

请问这些值的解释说明大约在amber18手册的第几章呢？

这个错误是用GPU跑heat 经常容易出现的。就是你heat过程中，density前后变化太大。
2个办法：
1. 用cpu跑。heat本来时间短，cpu 也不会差太多。
2.用gpu跑，但是切割成多个文件。比如你heat整个跑100ps，那就10ps一个文件。

但这仅仅是解决了程序计算问题，至于你体系为啥是正值，就不得而知了。

作者
Author: 灵芝5 时间: 2023-10-19 09:57
本帖最后由灵芝5 于 2023-10-19 09:59 编辑

谢谢老师解答。

老师，我检查了生成参数用的初始结构，结构有不合理的地方，猜想是因为结构不合理体系值才是正的。

老师，我在用tleap给体系加离子的时候，离子加到了盒子外面（如下图）正常吗？如果不正常应该怎么更正呢？离子的个数计算方法是用水的个数*0.018*0.15mol/L。

作者
Author: alee1046 时间: 2024-6-21 15:35
您好我也遇到了我是charm-gui生成的膜结构最小化完了 1-4VDW和bond还有eamber 是很大的非常大加热直接报错。生成膜结构之前做过最小化但加了膜跑md的时候就是搞不下去

作者
Author: student0618 时间: 2024-6-24 13:58

alee1046 发表于 2024-6-21 15:35
您好我也遇到了我是charm-gui生成的膜结构最小化完了 1-4VDW和bond还有eamber 是很大的非常大加热 ...

檢查一下結構有沒有重疊的原子或其它不合理的地方。
如果使用CHARMM-GUI生成的input文件可能要修改一下或再加一個minimization step。加熱前最小化的Input file不要加position restraint 看看能不能解決問題。CHARMM-GUI 提供的文件有機會限制了水以外所有分子。

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