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标题: 求助：如何统计gcmc在某个区域内插入的分子数目 [打印本页]

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Author: dreamer123 时间: 2023-10-18 21:13
标题: 求助：如何统计gcmc在某个区域内插入的分子数目
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如图所示，左边那个立方体是填充10Mpa甲烷的高压区high，右边是1Mpa甲烷的低压区low，使用fix gcmc命令分别对两个区域插入/删除甲烷分子。
用group type命令将C，H原子归为methane这个group，然后以methane为parent group对左右两个立方体以及中间狭缝region建立动态group，分别名为highmethane、lowmethane、poremethane。
输出highmethane、lowmethane、poremethane的原子数量和体系总原子数量，发现highmethane、poremethane的原子数量一直减少，而体系总原子数量不变。因为gcmc命令插入的甲烷分子没有被统计到这几个动态group中。
具体命令如下
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thermo输出如下
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模拟开始及结束的snapshot如下
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作者
Author: dreamer123 时间: 2023-10-18 21:20
已经解决了，fix gcmc中的group ID要和动态组的parent group相同，才能统计到gcmc插入的分子。

作者
Author: 刘小胖 时间: 2023-10-24 13:22
楼主问一下甲烷的化学势怎么计算的我在另一个软件上算出来化学势转化成lammps的对不上

作者
Author: dreamer123 时间: 2023-11-16 16:15

刘小胖发表于 2023-10-24 13:22
楼主问一下甲烷的化学势怎么计算的我在另一个软件上算出来化学势转化成lammps的对不上

我的方法不一定对的，而且也很笨，就是不断调整化学势，直到平衡时甲烷的密度在目标密度附近波动

作者
Author: miaof 时间: 2023-11-25 21:40

刘小胖发表于 2023-10-24 13:22
楼主问一下甲烷的化学势怎么计算的我在另一个软件上算出来化学势转化成lammps的对不上

Lammps中fix的widom命令可以算过剩的化学势在加上理想化学势就行了

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Author: Jerry_Fan 时间: 2024-1-2 20:34

miaof 发表于 2023-11-25 21:40
Lammps中fix的widom命令可以算过剩的化学势在加上理想化学势就行了

我还有几个问题。
1、GCMC命令插入和删除粒子，并根据metropolis准则决定是否接受新构型，为什么还需要化学势呢？
2、计算化学势需要将粒子插入吸附的位置，并根据能量差异得到过化学势，再加上理想气体化学势。但是gcmc接受了一个构型之后，体系已经发生了变化，初始指定的化学势还合适吗？如果根据计算实时发生变化，是不是过于麻烦？
3、LAMMPS提供了一种忽略化学势的方法，即指定理想气藏压力的方法，并且可以指定逸度系数。纯水溶液也可以使用吗？在MS的sorption板块中，也只是输入逸度或者loading即可以进行吸附。

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Author: lltll 时间: 2024-3-8 11:47
本帖最后由 lltll 于 2024-3-8 17:21 编辑

dreamer123 发表于 2023-10-18 21:20
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Author: lltll 时间: 2024-3-8 18:35

miaof 发表于 2023-11-25 21:40
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lammps自带的例子in.gcmc.lj中用variable muex equal ${mu}-${temp}*ln(density*${lambda}+${nugget})直接计算出了过剩的化学势，想问一下，这里算出的过剩化学势和用fix widom计算的过剩化学势有联系吗？

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