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标题: mdrun运行命令中'-tablep'选项是否可以实现定义不同pairs相互作用的功能 [打印本页]

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Author: MingM 时间: 2023-10-19 12:10
标题: mdrun运行命令中'-tablep'选项是否可以实现定义不同pairs相互作用的功能
本帖最后由 MingM 于 2023-11-8 17:58 编辑

各位老师好，我对GROMACS中mdrun命令中的'-tablep'选项存在一些疑问，想请教一下各位老师。

我正在模拟的体系使用的是表格式的vdW相互作用，所以在模拟前我会准备所有珠子间的vdW势的文件table_A_A.xvg,table_A_B.xvg...（涵盖所有的vdW相互作用对）,并且在.mdp文件中设置energygrps = A B C …(涵盖所有类型的珠子) 和 energygrp-table = A A A B A C…（与提供的table_*_*.xvg）完全对应。然后在运行mdrun的时候输入'mdrun -deffnm md -table table.xvg',这个时候GROMACS程序可以根据对应的相互作用对读取相应的table_*_*.xvg文件，这也与GROMACS官网给的说明一致。

但是问题出现在加pairs相互作用的时候。我查阅GROMACS官网后发现mdrun的命令选项中存在'-tablep'选项，可以像'-table'一样让程序读入特定的.xvg文件。所以我就仿照'-table'命令的方式，首先1.在分子的拓扑文件里定义我想指定的pairs相互作用 2. 仿照提供table_*_*.xvg那样，根据定义的pairs相互作用，提供对应的tablep_*_*.xvg 3. 运行mdrun时输入命令 'mdrun -deffnm md -table table.xvg -tablep tablep.xvg'. 我原本以为这样程序能根据我设定的pairs对读取相应的tablep_*_*.xvg，但是程序报错，提示我缺少tablep.xvg。我又进行了很多的测试，发现一个规律，无论提供多少种tablep_*_*.xvg，mdrun命令中的'-tablep'选项好像只读取唯一的一个文件，就是tablep.xvg(或者说-tablep 后面指定的那个文件，这里是因为我指定的是tablep.xvg)。那这样就十分的不理想，因为这个意思就是一个分子里各种pairs相互作用仅由一个共同的tablep文件决定。

我查阅了GROMACS手册，对于'-tablep'选项的描述是，和'-table'选项功能一样。我的理解是，在.mdp文件设置了energygrps和energygrp-table项，当mdrun加上-table table.xvg时，程度会读取table_a_b.xvg(a 是energygrp-table设置的能量对)，当mdrun再加上-tablep tablep.xvg时，程度会读取tablep_a_b.xvg(a 是energygrp-table设置的能量对)。但是实际模拟中发现，激活'-tablep'选项后，所有的pairs相互作用都读取'默认的'tablep.xvg。'-table'选项在.mdp文件中有专门的energygrp-table，可以让你告诉程序有哪些普通的vdW对是要读单独的table的，而.mdp文件中好像没有针对'-tablep'选项给出一个接口，让你告诉程序那些pairs作用是要读单独的tablep_*_*.xvg的，程序全部读给定的同一个tablep.xvg

我想问问各位老师，是不是我对mdrun中'-tablep'命令理解不太对，导致程序只能读取单一的tablep文件。如果'-tablep'命令真的不能实现不同种pairs相互作用读取各自的tablep_*_*.xvg, 那还有没有一种方法，既使用表格形式的vdW势，有能分别制定不同pairs相互作用呢？谢谢各位老师！

P.S. 各位老师我目前使用的vdW势的函数形式不在GROMACS内置的函数形式内，所以只能使用表格形式的vdW势。再次谢谢各位老师！

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