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标题: 求助lammps包含TIP4P水分子的体系如何模拟 [打印本页]

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Author: 邋遢大王 时间: 2023-10-19 12:13
标题: 求助lammps包含TIP4P水分子的体系如何模拟
用lammps模拟；一个含有TIP4p水分子的刚体和非刚体混合体系，用fix rigid/small设置水分子为刚体，但模拟过程出现了warning：
WARNING: Cannot count rigid body degrees-of-freedom before bodies are fully initialized
想请教一下，对于这种混合体系，是应该使用分开的npt或者nvt系综还是一起
以下是部分代码：
include       "opls_aa.init"

read_data    "system.data"

include       "system.in.settings"

neigh_modify delay 0 every 1 check yes

group water type 16 17 18
fix integrate water rigid/small molecule #group水分子并刚性化

thermo    10
minimize 1.0e-4 1.0e-4 100000 400000
write_data system_after_min.data

fix shakeH all shake 0.0001 20 500 m 1.0079 #H shake
velocity all create 300 12345678 dist uniform
run 0
velocity all scale 300

fix fxnpt2 all npt temp 300.0 300.0 $(100.0*dt) iso 0.98692 0.98692 $(1000.0*dt)
run             5000
unfix fxnpt2

dump 4 all custom 100 traj_nvt.lammpstrj id mol type x y z ix iy iz
fix fxnvt all nvt temp 300.0 300.0 100.0 tchain 1
thermo       100
run             1000
write_data system_after_nvt.data
undump 4
unfix fxnvt

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