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标题: 求助：oplsaa力场下模拟离子液体和dmso，dmso与dmso之间相互作用为正值合理吗吗？ [打印本页]

作者
Author: 马天湉 时间: 2023-10-19 18:12
标题: 求助：oplsaa力场下模拟离子液体和dmso，dmso与dmso之间相互作用为正值合理吗吗？
我在oplsaa.ff力场下跑离子液体和dmso动力学(0.5:0.5)，计算出dmso与dmso之间相互作用为正值合理吗？但是在其他摩尔比下dmso-dmso之间相互作用能都为负值。用此方法{在浏览器中打开LigParGen（http://zarbi.chem.yale.edu/ligpargen/），将单体的mol文件提交给LigParGen，选择GROMACS中的top选项进行下载，得到一种单体的itp文件；}获得的itp文件，用1.2*CM5替换了原子电荷，过程中无任何警告出现，进行了相互作用能分析。

作者
Author: 牧生 时间: 2023-10-19 18:48
如果分子间有排斥，相互作用就是为正的。

http://bbs.keinsci.com/thread-15902-1-1.html

http://sobereva.com/685

作者
Author: 马天湉 时间: 2023-10-19 20:47

牧生发表于 2023-10-19 18:48
如果分子间有排斥，相互作用就是为正的。

http://bbs.keinsci.com/thread-15902-1-1.html

请问可以用1.2*CM5替换itp中的电荷吗？

作者
Author: 牧生 时间: 2023-10-19 21:05
本帖最后由牧生于 2023-10-19 21:06 编辑

马天湉发表于 2023-10-19 20:47
请问可以用1.2*CM5替换itp中的电荷吗？

离子液体的不行，因为会导致带电荷不为整数。不带电的dmso可以。

更好的建议是统一都用sobtop生成基于gaff力场的top文件，然后统一都用resp2电荷，既普适，精度又还不错。

作者
Author: 马天湉 时间: 2023-10-19 21:21

牧生发表于 2023-10-19 21:05
离子液体的不行，因为会导致带电荷不为整数。不带电的dmso可以。

更好的建议是统一都用sobtop生成基于 ...

谢谢您的回复，我之前尝试替换了离子液体中阴阳离子电荷和是整数的阴离子-1 阳离子1 反而dmso是0.000000001 这样跑动力学体系总电荷是0 ；之前看论坛里说oplsaa更适合模拟离子液体，您的意思是我可以尝试一下换gaff力场模拟一下，分析相互作用能对照一下我的dmso分子之间相互作用类型是对的。

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