计算化学公社

标题: GROMACS顺利跑完动力学后，处理周期性时提示tpr文件有问题，请问怎么解决 [打印本页]

作者
Author: lzj-ustb 时间: 2023-10-19 21:53
标题: GROMACS顺利跑完动力学后，处理周期性时提示tpr文件有问题，请问怎么解决
做辛醇和水分离的分子动力学的时候，用packmol生成盒子grompp生成tpr时只有一个note（第一张图）,按理说这个可以忽视之后mdrun,只有关于线程的note（第二张图）,
打算用VMD打开轨迹，然后处理轨迹的pbc（第三张图）,说tpr文件有问题（第四张图），可是我本来的文件名是md.tpr。请问老师怎么解决
(, 下载次数 Times of downloads: 12)

(, 下载次数 Times of downloads: 13)

(, 下载次数 Times of downloads: 10)

(, 下载次数 Times of downloads: 13)

作者
Author: sobereva 时间: 2023-10-20 07:24
接上-s md.tpr
你没指定时默认叫topol.tpr，没找到所以报错

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)