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标题: gro和top文件不对应的问题 [打印本页]

作者
Author: jia1012428 时间: 2023-10-20 07:04
标题: gro和top文件不对应的问题
老师，您好，我请教下关于gro和top原子数不匹配的问题。
我用packmol加了8576个水分子和2173个dmso，又加了1个配体lig和1个磷酸吡哆胺pmp，结果如下
[ molecules ]
; Compound       #mols
h2o                8576
dms                2173
Protein_chain_A    1
lig                      1
pmp                   1

当我运行到gmx grompp -f em.mdp -c solv_ions.gro -p topol.top -o em.tpr -maxwarn 4时，出现了报错
Fatal error:
number of coordinates in coordinate file (solv_ions.gro, 52663)
         does not match topology (topol.top, 52629)

我检查了gro文件，发现水分子数8559，NA数17，两者之和8576，总数跟上面水分子数相等
我又检查了top文件，top文件如下
[ molecules ]
; Compound       #mols
h2o                8542
NA                   17
NA                17
dms                2173
Protein_chain_A    1
lig                   1
pmp                1

发现NA是34个（与gro相比多了17），水8542（跟gro的8559相比少了17），应该是这个原因导致计算原子数时两个文件不匹配

我有两个问题
1 为什么会出现这种情况，这不是gromacs自动计算的吗，怎么会出错
2 是否根据gro结果（我个人认为gro更准更真实），修改top文件

作者
Author: sobereva 时间: 2023-10-20 07:17
自己把top里的信息改成和gro一致就完了

不说清楚完整操作细节，别人不可能知道哪一步导致不对应
本来诸如gmx genion等命令如果指定了拓扑文件就会让拓扑文件的信息和gro文件对应

作者
Author: jia1012428 时间: 2023-10-20 09:39
奇怪，我只有这个酶是这个样子，别的都没有问题
我把top修改了之后就好了

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