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标题: pdb转化top和crd文件出错 [打印本页]

作者
Author: molly85 时间: 2023-10-20 10:09
标题: pdb转化top和crd文件出错
想问一下各位老师，这种情况应该怎么解决呢
我的pdb文件增加了二硫键，第一个氨基酸便是半胱氨酸，显示必须是atom,回去查看了自己的pdb文件，不管把二硫键的位置放在pdb文件的开头还是末尾，都显示此错误

作者
Author: Serious 时间: 2023-10-20 11:00
本帖最后由 Serious 于 2023-10-20 11:01 编辑

1）Error信息写得听清楚的，不需要加”SSBOND“；要不改残基名，要不就在tleap加bond（反正也会自动检测）；

作者
Author: molly85 时间: 2023-10-20 14:44
因为我在分析的时候需要分析二硫键，所以我把CYS已经改为CYX，同时tleap文件也已经修改了，但是就是显示此错误

作者
Author: Frozen-Penguin 时间: 2023-10-20 16:18

molly85 发表于 2023-10-20 14:44
因为我在分析的时候需要分析二硫键，所以我把CYS已经改为CYX，同时tleap文件也已经修改了，但是就是显示此 ...

错误提示指出说tleap中bond命令用法不对，所以你可以把tleap的输入文件或者命令发出来看看。

作者
Author: molly85 时间: 2023-10-21 13:50
本帖最后由 molly85 于 2023-10-21 13:52 编辑

Frozen-Penguin 发表于 2023-10-20 16:18
错误提示指出说tleap中bond命令用法不对，所以你可以把tleap的输入文件或者命令发出来看看。

老师，这是我的tleap文件。

作者
Author: Frozen-Penguin 时间: 2023-10-21 20:43

molly85 发表于 2023-10-21 13:50
老师，这是我的tleap文件。

大多数模拟软件会重新设置残基编号以方便后续计算，不会沿用PDB中的残基编号。
在使用bond定义键时，中间的数字是残基编号，要用重新设定之后的。
可以读取pdb后直接保存一个pdb，这样就可以看到重新设定后的残基编号。

作者
Author: molly85 时间: 2023-10-21 21:23

Frozen-Penguin 发表于 2023-10-21 20:43
大多数模拟软件会重新设置残基编号以方便后续计算，不会沿用PDB中的残基编号。
在使用bond定义键时，中 ...

老师，用什么命令读取原始pdb文件之后会改变残基序号呀，之前没遇到过，然后新的pdb文件生成之后需要改动嘛？就是半胱氨酸。

作者
Author: Frozen-Penguin 时间: 2023-10-22 10:00

molly85 发表于 2023-10-21 21:23
老师，用什么命令读取原始pdb文件之后会改变残基序号呀，之前没遇到过，然后新的pdb文件生成之后需要改动 ...

直接读取然后保存pdb就行了，残基号会自动重新设定好

source leaprc.protein.ff19SB
mol = loadpdb input.pdb
savepdb mol output.pdb
quit

复制代码

作者
Author: molly85 时间: 2023-10-22 12:20

Frozen-Penguin 发表于 2023-10-22 10:00
直接读取然后保存pdb就行了，残基号会自动重新设定好

多谢老师，问题在您的指导下已经解决了

作者
Author: liangxf 时间: 2023-12-8 14:55
请问这是在什么软件输入的命令？

作者
Author: molly85 时间: 2023-12-18 16:23

liangxf 发表于 2023-12-8 14:55
请问这是在什么软件输入的命令？

amber

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