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标题: 使用GMX模拟有机小分子在硅基底上沉积过程出现分子速度莫名减小的问题 [打印本页]
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Author: Yaocy    时间: 2023-10-20 11:04
标题: 使用GMX模拟有机小分子在硅基底上沉积过程出现分子速度莫名减小的问题
本帖最后由 Yaocy 于 2023-10-20 16:46 编辑

我在利用GROMACS模拟如下有机分子在硅基底上的沉积过程，模拟思路是利用bash脚本循环调用gmx进行模拟，并利用python随机插入新的分子（并赋予竖直向下的初速度）再模拟。但是在查看分子轨迹的时候发现前300步分子正常下降，但是300步左右分子突然停止下降，此时分子周围也没有其他的原子干扰，GMX也没有输出报错信息而是继续运行。

附件中是模拟使用的文件，拓扑文件是利用Sobtop生成的，使用GAFF力场。热浴使用velocity-rescale。请问各位老师这可能是什么原因造成的，谢谢。


作者
Author: 喵星大佬    时间: 2023-10-20 11:42
用了热浴么
作者
Author: Yaocy    时间: 2023-10-20 15:32
喵星大佬 发表于 2023-10-20 11:42
用了热浴么

老师好，tcoupl设置为了v-rescale，是因为它会重新缩放速度导致速度变化吗，谢谢老师
作者
Author: sobereva    时间: 2023-10-21 05:51
当前这种问题不适合用热浴，应当用NVE，否则碰撞速度都不可控。至少打下来的分子不应当被控温
作者
Author: Yaocy    时间: 2023-10-21 10:32
sobereva 发表于 2023-10-21 05:51
当前这种问题不适合用热浴，应当用NVE，否则碰撞速度都不可控。至少打下来的分子不应当被控温

好的，谢谢社长我昨天尝试将打下来的分子单独分组不控温看起来能正常运行了。
不过如果用NVE，也就是不对已经沉积在基底上的分子进行控温，会不会出现温度越来越高的情况，因为不断有新的带初速度的分子加入这个体系，谢谢社长
作者
Author: sobereva    时间: 2023-10-22 00:07
Yaocy 发表于 2023-10-21 10:32
好的，谢谢社长我昨天尝试将打下来的分子单独分组不控温看起来能正常运行了。
不过如果用NVE ...

会
作者
Author: Yaocy    时间: 2023-10-23 12:19
sobereva 发表于 2023-10-22 00:07
会

好的，谢谢社长



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