标题: 生成含非标准残基top文件时删除封堵CYS的H后在pymol中无法显示双键 [打印本页] 作者Author: sxwen 时间: 2023-10-20 20:44 标题: 生成含非标准残基top文件时删除封堵CYS的H后在pymol中无法显示双键 各位好：
我有一个蛋白（nlrp3）,我们自己设计了一个化合物（st4）,我们想研究st4与nlrp3相互作用关系，使用薛定谔共价对接后进行md。CYS-ST4结构，在这里我使用添加H的方式封堵C和N端。在Gaussian计算参数为“# opt freq hf/6-31g pop=mk iop(6/33=2)”，后续也正常生成了ST4withCYS279_withH.itp和ST4withCYS279_withH.top文件。在准备复合物体系时，我对照GaussView产生的mol2文件，将CYS和ST4做了相应修改（主要是改了原子编号），在这里我删除了封堵CYS C端和N段所加的H，结果如下：
ATOM 1228 O SER A 278 6.323 35.063 154.328 1.00 0.00 O
ATOM 1229 C1 ST4 A 279 6.753 31.690 155.956 1.00 0.00 C
ATOM 1230 O2 ST4 A 279 7.337 33.829 149.622 1.00 0.00 O
ATOM 1231 C3 ST4 A 279 9.083 35.659 151.170 1.00 0.00 C
ATOM 1232 O4 ST4 A 279 11.210 28.221 156.995 1.00 0.00 O
ATOM 1233 C5 ST4 A 279 10.836 29.505 156.766 1.00 0.00 C
ATOM 1234 O6 ST4 A 279 11.652 30.421 156.806 1.00 0.00 O
ATOM 1235 C7 ST4 A 279 8.765 30.231 157.850 1.00 0.00 C
ATOM 1236 O8 ST4 A 279 10.248 33.909 153.265 1.00 0.00 O
ATOM 1237 C9 ST4 A 279 7.517 31.937 153.531 1.00 0.00 C
ATOM 1238 C10 ST4 A 279 8.735 32.105 152.530 1.00 0.00 C
ATOM 1239 C11 ST4 A 279 7.586 31.007 154.812 1.00 0.00 C
ATOM 1240 C12 ST4 A 279 6.132 32.168 152.823 1.00 0.00 C
ATOM 1241 C13 ST4 A 279 8.315 32.123 151.053 1.00 0.00 C
ATOM 1242 C14 ST4 A 279 9.826 31.048 152.724 1.00 0.00 C
ATOM 1243 C15 ST4 A 279 9.261 33.559 152.640 1.00 0.00 C
ATOM 1244 C16 ST4 A 279 9.087 30.775 155.281 1.00 0.00 C
ATOM 1245 C17 ST4 A 279 6.926 29.650 154.522 1.00 0.00 C
ATOM 1246 C18 ST4 A 279 6.137 33.106 151.560 1.00 0.00 C
ATOM 1247 C19 ST4 A 279 7.536 33.423 150.958 1.00 0.00 C
ATOM 1248 C20 ST4 A 279 10.169 30.645 154.154 1.00 0.00 C
ATOM 1249 C21 ST4 A 279 8.332 34.456 151.811 1.00 0.00 C
ATOM 1250 C22 ST4 A 279 9.308 29.735 156.468 1.00 0.00 C
ATOM 1251 C23 ST4 A 279 7.141 28.570 155.606 1.00 0.00 C
ATOM 1252 C24 ST4 A 279 8.614 28.396 156.054 1.00 0.00 C
ATOM 1253 H25 ST4 A 279 7.621 34.946 152.449 1.00 0.00 H
ATOM 1254 H26 ST4 A 279 7.127 33.038 149.103 1.00 0.00 H
ATOM 1255 H27 ST4 A 279 7.661 32.808 154.130 1.00 0.00 H
ATOM 1256 H28 ST4 A 279 9.345 31.748 155.703 1.00 0.00 H
ATOM 1257 H29 ST4 A 279 12.140 28.272 157.228 1.00 0.00 H
ATOM 1258 H30 ST4 A 279 9.403 30.161 152.257 1.00 0.00 H
ATOM 1259 H31 ST4 A 279 10.700 31.196 152.093 1.00 0.00 H
ATOM 1260 H32 ST4 A 279 5.858 29.772 154.333 1.00 0.00 H
ATOM 1261 H33 ST4 A 279 7.318 29.323 153.576 1.00 0.00 H
ATOM 1262 H34 ST4 A 279 5.501 32.642 150.803 1.00 0.00 H
ATOM 1263 H35 ST4 A 279 5.649 34.052 151.784 1.00 0.00 H
ATOM 1264 H36 ST4 A 279 10.395 29.584 154.043 1.00 0.00 H
ATOM 1265 H37 ST4 A 279 11.105 31.120 154.450 1.00 0.00 H
ATOM 1266 H38 ST4 A 279 6.519 28.787 156.474 1.00 0.00 H
ATOM 1267 H39 ST4 A 279 6.756 27.626 155.226 1.00 0.00 H
ATOM 1268 H40 ST4 A 279 9.146 27.953 155.212 1.00 0.00 H
ATOM 1269 H41 ST4 A 279 8.651 27.666 156.865 1.00 0.00 H
ATOM 1270 H42 ST4 A 279 6.419 31.010 156.732 1.00 0.00 H
ATOM 1271 H43 ST4 A 279 5.831 32.135 155.589 1.00 0.00 H
ATOM 1272 H44 ST4 A 279 7.303 32.500 156.439 1.00 0.00 H
ATOM 1273 H45 ST4 A 279 8.344 36.237 150.615 1.00 0.00 H
ATOM 1274 H46 ST4 A 279 9.790 35.306 150.418 1.00 0.00 H
ATOM 1275 H47 ST4 A 279 7.715 29.997 157.999 1.00 0.00 H
ATOM 1276 H48 ST4 A 279 8.885 31.308 157.977 1.00 0.00 H
ATOM 1277 H49 ST4 A 279 9.246 29.758 158.710 1.00 0.00 H
ATOM 1278 H50 ST4 A 279 5.757 31.195 152.505 1.00 0.00 H
ATOM 1279 H51 ST4 A 279 5.389 32.533 153.528 1.00 0.00 H
ATOM 1280 H52 ST4 A 279 9.158 32.121 150.361 1.00 0.00 H
ATOM 1281 H53 ST4 A 279 7.721 31.244 150.800 1.00 0.00 H
ATOM 1282 S54 ST4 A 279 9.977 36.840 152.287 1.00 0.00 S
ATOM 1283 C55 ST4 A 279 8.669 37.756 153.205 1.00 0.00 C
ATOM 1284 H56 ST4 A 279 9.161 38.689 153.385 1.00 0.00 H
ATOM 1285 H57 ST4 A 279 7.684 37.939 152.828 1.00 0.00 H
ATOM 1286 C58 ST4 A 279 8.115 36.966 154.423 1.00 0.00 C
ATOM 1287 H59 ST4 A 279 8.417 35.969 154.180 1.00 0.00 H
ATOM 1288 O60 ST4 A 279 9.961 37.468 155.890 1.00 0.00 O
ATOM 1289 C61 ST4 A 279 8.733 37.204 155.810 1.00 0.00 C
ATOM 1290 N63 ST4 A 279 6.647 36.932 154.496 1.00 0.00 N
ATOM 1291 H65 ST4 A 279 6.270 37.704 153.983 1.00 0.00 H
ATOM 1292 N CYS A 280 7.682 37.111 157.146 1.00 0.00 N