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标题: 能否将两个fchk文件合成一个新的fchk文件 [打印本页]

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Author: CLJJ 时间: 2023-10-21 16:41
标题: 能否将两个fchk文件合成一个新的fchk文件
请问能否将两个fchk文件合成一个新的fchk文件呀，在multiwfn中只看到了能合成wfn文件，因为我想将这两个文件的轨道信息合在一起当初猜生成gif文件。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-10-22 02:31
Multiwfn可以把两个波函数文件里的波函数信息合并成一个后导出成新的波函数文件，对于fch文件完全适用，看Multiwfn手册3.100.19节的说明

作者
Author: CLJJ 时间: 2023-10-22 13:37

sobereva 发表于 2023-10-22 02:31
Multiwfn可以把两个波函数文件里的波函数信息合并成一个后导出成新的波函数文件，对于fch文件完全适用，看M ...

谢谢老师的回复，但是我想将结合后的波函数文件当成初猜写入Gaussian的输入文件，我现在已经将两个片段fchk文件合成一个wfn文件了，但是wfn文件没法转成新的fchk文件，进而转化成chk文件被Gaussian的输入文件读取，请问现在这种情况有好的解决办法吗？

作者
Author: zjxitcc 时间: 2023-10-22 13:54
本帖最后由 zjxitcc 于 2023-10-22 14:08 编辑

CLJJ 发表于 2023-10-22 13:37
谢谢老师的回复，但是我想将结合后的波函数文件当成初猜写入Gaussian的输入文件，我现在已经将两个片段fc ...

你应该将两个片段的fch文件合并成一个复合物的fch文件，然后用Gaussian自带的unfchk小程序将fch转化为chk。不要经手/经过wfn。又或者，将两个片段的fch文件合并成一个带轨道信息的gjf文件，写上关键词guess=cards即从gjf文件中读取轨道。

作者
Author: CLJJ 时间: 2023-10-22 14:03
本帖最后由 CLJJ 于 2023-10-22 14:33 编辑

zjxitcc 发表于 2023-10-22 13:54
你应该将两个片段的fch文件合并成一个复合物的fch文件，然后用Gaussian自带的unfchk小程序将fch转化为chk ...

老师请问如何将两个片段的fch文件合成新的fch文件呢?第二种方法我之前尝试过，但是因为我其中一个log文件是将金属离子的轨道进行交换（读取单点能计算的chk文件），没有进行scf计算，所以在将金属和配体的log文件合在一起的时候multiwfn会报错： Atomic coordinates cannot be found!
但是我的金属离子不能进行scf计算，因为一计算的化轨道就会交换回去，所以才想着将两个fchk文件合在一起，而不是两个log文件。
下面是我的金属离子以及配体的计算的log压缩文件，以及金属离子交换轨道的输入文件截图：

作者
Author: CLJJ 时间: 2023-10-22 14:57

zjxitcc 发表于 2023-10-22 13:54
你应该将两个片段的fch文件合并成一个复合物的fch文件，然后用Gaussian自带的unfchk小程序将fch转化为chk ...

之前也尝试过用orca计算之后将金属离子和配体的gbw文件合成新的波函数文件，但是虽然波函数文件成功合成了，计算的时候却报错：Your GBWFile is either corrupt or from a different ORCA version!(但是我使用的确实是同一版本)。我仔细检查了自己的输入文件以及手册中的算例，应该是没有任何问题，只是计算时配体和金属都使用了赝势，我认为可能是orca_mergefrag小程序在合成波函数文件时产生的问题，无法解决，只能转用Gaussian计算

，所以现在唯一的办法就是将两个fchk文件合在一起产生初猜，或者是请问老师有没有什么办法将我金属离子交换轨道的输入文件修改一下，使得在合成两个log文件的时候multiwfn不报错。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-10-23 00:08

CLJJ 发表于 2023-10-22 14:03
老师请问如何将两个片段的fch文件合成新的fch文件呢?第二种方法我之前尝试过，但是因为我其中一个log文件 ...

哪能载入log文件，显然得载入fch文件

Multiwfn手册里写得没法更清楚

(, 下载次数 Times of downloads: 6)

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Author: wzkchem5 时间: 2023-10-23 03:15

CLJJ 发表于 2023-10-22 07:57
之前也尝试过用orca计算之后将金属离子和配体的gbw文件合成新的波函数文件，但是虽然波函数文件成功合成 ...

是不是用的orca_mergefrag版本和配合物计算的orca版本不一样？光是配合物计算的orca版本和金属、配体计算的orca版本一致是不够的

作者
Author: CLJJ 时间: 2023-10-23 09:45

sobereva 发表于 2023-10-22 02:31
Multiwfn可以把两个波函数文件里的波函数信息合并成一个后导出成新的波函数文件，对于fch文件完全适用，看M ...

老师，在将金属离子以及配体的fchk文件单独生成带有初猜的gif文件全能成功，就是这个方法我也尝试过，但是我现在是没法将两个fchk文件合在一起生成带有初猜的gif文件。可能是因为其中一个金属离子的fchk文件是交换轨道的文件，所以会报错。

作者
Author: CLJJ 时间: 2023-10-23 09:47
本帖最后由 CLJJ 于 2023-10-23 09:50 编辑

wzkchem5 发表于 2023-10-23 03:15
是不是用的orca_mergefrag版本和配合物计算的orca版本不一样？光是配合物计算的orca版本和金属、配体计算 ...

应该不是，老师我检查过了，全是5.0.1的版本，而且我的配体以及金属离子全是开壳层计算的，所以应该是没有问题的。应该是第一个原因Your GBWFile is either corrupt 引起的报错。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-10-23 16:10

CLJJ 发表于 2023-10-23 02:47
应该不是，老师我检查过了，全是5.0.1的版本，而且我的配体以及金属离子全是开壳层计算的，所以应该是没 ...

有的时候提交orca用的脚本里的PATH变量和当前shell环境下的PATH变量不一样，此时会导致orca_mergefrag和orca计算用的不是同一个版本。
如果这个问题也排查过了，而且确认所有操作正确，那么可以考虑在orca论坛上报一下bug

作者
Author: sobereva 时间: 2023-10-24 02:17

CLJJ 发表于 2023-10-23 09:45
老师，在将金属离子以及配体的fchk文件单独生成带有初猜的gif文件全能成功，就是这个方法我也尝试过，但 ...

分清楚gif和gjf

没有任何意义非要产生带初猜信息的gjf文件。用Multiwfn产生带有组合波函数的fch文件，unfchk转成chk，用guess=read从里面读取波函数当初猜不就行了。本来绝大多数用户读取初猜波函数就是从chk里读取的而非guess=cards从输入文件里读取的。guess=cards读取的速度还比从chk里读取更慢。

作者
Author: CLJJ 时间: 2023-10-24 09:45

wzkchem5 发表于 2023-10-23 16:10
有的时候提交orca用的脚本里的PATH变量和当前shell环境下的PATH变量不一样，此时会导致orca_mergefrag和o ...

好的，谢谢老师的回复，我昨天又想了一下，应该是因为我在orca中计算的金属离子的波函数文件也是轨道交换之后的文件，所以新的波函数文件虽然合成了，但是在计算的时候就会出现问题。

作者
Author: CLJJ 时间: 2023-10-24 09:53

sobereva 发表于 2023-10-24 02:17
分清楚gif和gjf

没有任何意义非要产生带初猜信息的gjf文件。用Multiwfn产生带有组合波函数的fch文件， ...

谢谢老师的回复，我现在也认为这种分开计算的意义不大，现在打算将有对称性的配合物的轨道直接交换，然后计算。

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