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标题: Packmol建模插入较多位阻较大的分子导致建模不成功 [打印本页]

作者
Author:
Jus    时间: 2023-10-22 09:48
标题: Packmol建模插入较多位阻较大的分子导致建模不成功
本帖最后由 Jus 于 2023-10-22 20:08 编辑

各位大佬你们好,我想用packmol定向构建数量较多、位阻较大的表面活性剂分子,建模结束后并没有显示success,而是出现下图的提示,生成的是模型pdb文件和pdb_forced文件。
问题1:我能使用这个pdb或是pdb_forced文件进行下一步的动力学模拟吗。我尝试过用pdb文件跑em、npt,发现都没有问题,不知道这样的模型会不会对数据有影响。
问题2:图片中提示"If you want that the packing procedure continues for a Longer time,add the following keyword to the input file ’nloop [integer]’ ",请问我能不能通过添加”nloop [integer]"这个命令让packmol继续建模,最后success,不生成pdb_forced
谢谢各位大佬的指导与解答!
(, 下载次数 Times of downloads: 12)


作者
Author:
sobereva    时间: 2023-10-23 00:28
结果能用就行
作者
Author:
Jus    时间: 2023-10-23 15:52
sobereva 发表于 2023-10-23 00:28
结果能用就行

好的,谢谢老师




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