计算化学公社

标题: 求助如何利用VMD建立单层MoSi2N4膜，以及他对应拓扑文件改如何写 [打印本页]

作者
Author: zz200022 时间: 2023-10-22 10:15
标题: 求助如何利用VMD建立单层MoSi2N4膜，以及他对应拓扑文件改如何写
我想过用MS建模，但我只会把N-Si-N-Mo-N-Si-N建出来，保存为pdb，后面不晓得该咋搞

作者
Author: sobereva 时间: 2023-10-23 00:27
都不说用什么模拟程序，问什么拓扑文件

仔细看此文
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）

作者
Author: zz200022 时间: 2023-10-23 10:21

sobereva 发表于 2023-10-23 00:27
都不说用什么模拟程序，问什么拓扑文件

仔细看此文

不好意思

，用的是namd

作者
Author: sobereva 时间: 2023-10-24 02:04
我不用NAMD，如果是用gromacs的话倒是可以用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）很容易地创建出来（原子电荷需要用CP2K算的REPEAT电荷）

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)