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标题: 请问用sobtop生成了离子对的itp，能量极小化显示引用无效的itp文件怎么办？ [打印本页]

作者
Author: 马天湉 时间: 2023-10-22 18:23
标题: 请问用sobtop生成了离子对的itp，能量极小化显示引用无效的itp文件怎么办？
我用sobtop生成了amber力场下的离子对[bmim][oac]的itp，在能量极小化时候报错：引用无效的分子类型（如图所示）请问是不能直接把离子对放入一个itp文件吗？必须要以单个阴阳离子形式分别生成itp是吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-10-23 00:24
http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ4都刻意强调了：

FAQ 4：离子液体的拓扑文件怎么产生？阴阳离子合在一起处理还是分开处理？
我强烈建议（这也是GROMACS的良好使用习惯），对体系中每种通过bond项（用于描述有显著共价特征的化学键，也包括配位键）连接到一起的片段，单独用Sobtop产生拓扑文件，并计算其原子电荷。比如离子液体，由于阴阳离子间是非共价作用，因此就应当对阳离子和阴离子分别照常产生拓扑文件，然后把二者的itp都include到主top文件里，并且把二者中的[ atomtypes ]也都合并、去重后挪到主top的[ defaults ]字段的后面去。

另外，当前的拓扑文件字段顺序也存在问题。没具体文件没法准确回答。

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