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标题: 求助转换为pdbqt格式后双键变成单键的问题 [打印本页]

作者
Author: charmm36 时间: 2023-10-23 08:40
标题: 求助转换为pdbqt格式后双键变成单键的问题

尊敬的、热心的各位老师和前辈，当我用AutoDock Tools 1.5.6将全反视黄醇的pdb结构转变为pdbqt格式后，原来结构中的双键都变成了单键（见下图），请问怎么解决？万分拜谢！

作者
Author: Serious 时间: 2023-10-23 10:14
1）可能是显示问题，看看双键在不在BRANCH项里就好；

作者
Author: charmm36 时间: 2023-10-23 10:33

Serious 发表于 2023-10-23 10:14
1）可能是显示问题，看看双键在不在BRANCH项里就好；

好的，刚看了，在原来的pdb中没有BRANCH项，但是pdbqt中有这一项。请问这是显示的问题吗？另外对对接结构有影响吗？烦请指教！非常感谢！

#pdbqt文件内容如下：
REMARK  6 active torsions:
REMARK  status: ('A' for Active; 'I' for Inactive)
REMARK 1  A between atoms: O_1  and  C_21
REMARK 2  A between atoms: C_5  and  C_10
REMARK 3  A between atoms: C_12  and  C_13
REMARK 4  A between atoms: C_15  and  C_16
REMARK 5  A between atoms: C_17  and  C_18
REMARK 6  A between atoms: C_20  and  C_21
ROOT
HETATM 1  C UNL    1    -2.139  -0.707  -0.384  1.00  0.00    0.009 C
HETATM 2  C UNL    1    -0.926  -0.159  -0.212  1.00  0.00    0.007 C
ENDROOT
BRANCH 2 3
HETATM 3  C UNL    1    0.370  -0.822  -0.392  1.00  0.00 -0.062 C
HETATM 4  C UNL    1    0.349  -2.270  -0.815  1.00  0.00    0.048 C
HETATM 5  C UNL    1    1.492  -0.104  -0.171  1.00  0.00    0.007 C
BRANCH 5 6
HETATM 6  C UNL    1    2.869  -0.548  -0.287  1.00  0.00    0.001 C
HETATM 7  C UNL    1    3.913 0.262  -0.039  1.00  0.00    0.006 C
BRANCH 7 8
HETATM 8  C UNL    1    5.335  -0.087  -0.127  1.00  0.00 -0.064 C
HETATM 9  C UNL    1    5.681  -1.494  -0.539  1.00  0.00    0.048 C
HETATM 10  C UNL    1    6.250 0.863 0.160  1.00  0.00    0.005 C
BRANCH  10  11
HETATM 11  C UNL    1    7.742 0.757 0.144  1.00  0.00    0.192 C
BRANCH  11  12
HETATM 12  O UNL    1    8.231 1.090 1.438  1.00  0.00 -0.397 OA
HETATM 13  H UNL    1    7.910 0.411 2.057  1.00  0.00    0.209 HD
ENDBRANCH  11  12
ENDBRANCH  10  11
ENDBRANCH 7 8
ENDBRANCH 5 6
ENDBRANCH 2 3
BRANCH 1  14
HETATM 14  C UNL    1    -3.378 0.026  -0.184  1.00  0.00 -0.048 C
HETATM 15  C UNL    1    -4.506  -0.753 0.533  1.00  0.00 -0.020 C
HETATM 16  C UNL    1    -5.865  -0.006 0.439  1.00  0.00    0.014 C
HETATM 17  C UNL    1    -4.742  -2.147  -0.097  1.00  0.00    0.020 C
HETATM 18  C UNL    1    -4.139  -0.943 2.022  1.00  0.00    0.020 C
HETATM 19  C UNL    1    -5.724 1.480 0.716  1.00  0.00    0.005 C
HETATM 20  C UNL    1    -4.784 2.113  -0.299  1.00  0.00    0.034 C
HETATM 21  C UNL    1    -3.526 1.315  -0.578  1.00  0.00 -0.077 C
HETATM 22  C UNL    1    -2.501 2.133  -1.329  1.00  0.00    0.044 C
ENDBRANCH 1  14
TORSDOF 6

作者
Author: Serious 时间: 2023-10-23 15:21

charmm36 发表于 2023-10-23 10:33
好的，刚看了，在原来的pdb中没有BRANCH项，但是pdbqt中有这一项。请问这是显示的问题吗？另外对对接 ...

1）pdbqt的BRANCH项就是可旋转键，比如“BRANCH 2 3”指的是2，3号原子间为可旋转键；含双键的pdb文件转成pdbqt，显示上是单键；
2）不影响对接，构型是一样的，试一试就知道了；

作者
Author: charmm36 时间: 2023-10-28 10:27

Serious 发表于 2023-10-23 15:21
1）pdbqt的BRANCH项就是可旋转键，比如“BRANCH 2 3”指的是2，3号原子间为可旋转键；含双键的pdb文 ...

好的好的，非常感谢！

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