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标题: gromacs模拟过程中能不能让锂离子运动靠近金属表面0.1nm处时发生电荷变化 [打印本页]

作者
Author: 打豆豆的灰鸭 时间: 2023-10-23 09:57
标题: gromacs模拟过程中能不能让锂离子运动靠近金属表面0.1nm处时发生电荷变化
老师，gromacs能不能做一个这样的位置限制或者有没有参考的脚本或者案例：在模拟过程中，锂离子运动靠近锂金属表面0.1nm处会发生电荷变化，从+1变成0，变成一个原子，表面带负电。模拟这样一个沉积过程。不知道gromacs能不能实现。

这篇文献中粗粒度分子模拟锂离子沉积到锂金属板，但文章中没有看到锂离子有电荷变化这样一个过程，但是提到锂离子与电极板接触后会变成锂原子
https://doi.org/10.1002/adfm.201910138
(, 下载次数 Times of downloads: 20) (, 下载次数 Times of downloads: 18)

这篇文献使用lammps模拟锂原子沉积锂板，锂原子每2ps插入
https://doi.org/10.1038/s41467-023-38757-2
(, 下载次数 Times of downloads: 20)

作者
Author: sobereva 时间: 2023-10-24 04:28
GROMACS没法直接实现

作者
Author: 打豆豆的灰鸭 时间: 2023-10-24 08:59

sobereva 发表于 2023-10-24 04:28
GROMACS没法直接实现

老师，能不能在具体说下

，我在别人的帖子有看到可以随机插入原子，但是没看到在一个距离发生变化的这种情况。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-10-25 00:41

打豆豆的灰鸭发表于 2023-10-24 08:59
老师，能不能在具体说下，我在别人的帖子有看到可以随机插入原子，但是没看到在一个距离发生变化的这 ...

改源代码，或者用其它程序

作者
Author: chuxuedexiaobai 时间: 2024-4-18 10:20
您好，我想问一下这个锂金属表面是如何固定位置的呢，我在位置限制时由于19200个铁原子都是一样的，所以itp,posre.itp我就写了一个铁原子，但是跑完nvt发现所有的铁原子都散乱了，这个要怎么设置才能将铁面的所有原子固定住呢。

作者
Author: Seyilaxa 时间: 2024-4-18 11:34

chuxuedexiaobai 发表于 2024-4-18 10:20
您好，我想问一下这个锂金属表面是如何固定位置的呢，我在位置限制时由于19200个铁原子都是一样的，所以itp ...

显然应该给每个Fe都加上限制，可以手动改.itp文件，也可以借助gmx genrestr辅助产生位置限制文件

作者
Author: chuxuedexiaobai 时间: 2024-4-18 14:19

Seyilaxa 发表于 2024-4-18 11:34
显然应该给每个Fe都加上限制，可以手动改.itp文件，也可以借助gmx genrestr辅助产生位置限制 ...

那itp里面也是需要把19200个铁都写出来然后再跑嘛

作者
Author: Seyilaxa 时间: 2024-4-18 14:38

chuxuedexiaobai 发表于 2024-4-18 14:19
那itp里面也是需要把19200个铁都写出来然后再跑嘛

[ position_restraints ]中的原子序数和拓扑文件对应的[ atoms ]中一致，如果把每个Fe都当成独立的一个原子就只需要写一行限制信息；如果把所有的Fe当成一个整体分子就要把每个原子都写上。
同时注意在NVT时确保带有限制信息的.itp文件被正确引用

作者
Author: chuxuedexiaobai 时间: 2024-4-18 14:55

Seyilaxa 发表于 2024-4-18 14:38
[ position_restraints ]中的原子序数和拓扑文件对应的[ atoms ]中一致，如果把每个Fe都当成独立的一个原 ...

好的，非常感谢您的回复，我是要把所有的铁当作一个分子，然后由于铁太多了19200个，我尝试用pdb2gmx命令直接转化，但我选着力场后，命令就报错了。
Feature not implemented:Can only select the first of multiple force field entries with directory name
'gromos54a7.ff' in the list. If you want to use the next entry, run pdb2gmx in
a different directory, set GMXLIB to point to the desired force field first,
and/or rename or move the force field directory present in the current working
directory.
对于这种原子数量很多的看作一个整体的话，有什么比较容易的方法来得到包含所有原子的itp文件呢。

作者
Author: Seyilaxa 时间: 2024-4-18 15:57

chuxuedexiaobai 发表于 2024-4-18 14:55
好的，非常感谢您的回复，我是要把所有的铁当作一个分子，然后由于铁太多了19200个，我尝试用pdb2gmx命令 ...

看起来这个报错和你的问题无关，是力场路径的问题。如果是用了 -ff gromos54a7.ff 指认力场，把.ff后缀删掉试试。
另外，如果考察的重点不在金属部分，我个人认为可以忽略铁原子和铁原子之间的相互作用，单独给一个Fe在拓扑文件中建立[atoms]和限制信息，然后在[molecules]对应.gro的位置插入FE 19200。
我看到你发的主题帖了，可以把相关的.itp和.top文件贴出来看看

作者
Author: chuxuedexiaobai 时间: 2024-4-18 19:39

Seyilaxa 发表于 2024-4-18 15:57
看起来这个报错和你的问题无关，是力场路径的问题。如果是用了 -ff gromos54a7.ff 指认力场，把.ff后缀删 ...

gro，itp文件在那个帖子里面下面的回复我贴了，gro太大了没法上传，麻烦您可以帮忙看看嘛，感谢

作者
Author: chuxuedexiaobai 时间: 2024-4-18 19:41

Seyilaxa 发表于 2024-4-18 15:57
看起来这个报错和你的问题无关，是力场路径的问题。如果是用了 -ff gromos54a7.ff 指认力场，把.ff后缀删 ...

gro

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