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标题: 求助：如何跑带修饰RNA的隐式溶剂模型MM [打印本页]

作者
Author: Roosa 时间: 2023-10-23 15:47
标题: 求助：如何跑带修饰RNA的隐式溶剂模型MM
我现在有一些m6a（腺苷n6甲基化修饰）的RNA和力场参数，修饰力场参数是gromacs的.rtp文件，现在需要跑隐式溶剂模型MM。
因为修饰力场是在gromacs里做的，所以打算在gromacs里跑，在网上只找到2018和之前的版本可以跑隐水，看了文献发现都是跑的蛋白，

请问：gromacs老版本隐式溶剂模型中有RNA的参数吗？

另一个想法是转去amber，但是这样涉及到修饰力场参数的迁移，我平常gromacs用的多所以不太清楚怎么做。而且有一个很大的问题就是我整个项目都是用的gromacs，mm这里用amber感觉不太好。
大家有什么建议吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-10-24 04:12
gromacs自带的力场的GB参数里没有磷的原子类型的定义，没法用GB跑，除非自己额外找参数加进去
gromacs的GB做的远不如AMBER，效率低、不支持GPU加速，而且支持的GB模型种类很少且较老。如果你就是咬定了非要用GB模型跑，AMBER程序最为适合
专门有程序可以把gromacs的拓扑文件转成amber的，轨迹也可以互转，这不是大问题

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